اندوفیت ها امروزه به عنوان منبعی برای تولید محصولات زیستی طبیعی معرفی شده اند و دارای پتانسیل های کاربردی فراوان در پزشکی، کشاورزی و صنعت هستند. گیاهان تیره ی سرو از گیاهان بومی ایران و جزو کهنسال ترین درختان ایران می باشند. مهم ترین جنس های موجود در ایران از این خانواده cupressus، juniperus وplatycladus هستند. با توجه به سلامت بالای این گیاهان طی این حضور دیرین در اقلیم های متنوع کشور احتمال همراهی و محافظت شدن آن ها توسط قارچ-ها و باکتری های همزیست وجود دارد. لذا پژوهش حاضر از دیدگاه های بیولوژیک، اکولوژیک و فارماکولوژیک به شناسایی اندوفیت های این گیاهان و بررسی مواد موثره آن ها پرداخته است. به این منظور، جمع آوری نمونه های گیاهی در طی فصل بهار، تابستان و پاییز سال 1390 خورشیدی، از اندام های سالم درختان سروناز (c. sempervirens var. cereiformis)، سروشیراز (c. sempervirens var. fastigiata)، سرونقره ای (cupressus arizonica)، سروخمره ای (platycladus orientalis)، سرو زربین (c. sempervirens var. horizontalis) و سروکوهی (juniperus communis) در رویشگاه های طبیعی استان های فارس، گیلان، مرکزی و همدان انجام شد. نمونه ها پس از انتقال به آزمایشگاه و ضدعفونی، کشت داده شدند و قارچ ها و باکتری های جداسازی شده، خالص گردیدند. در این پژوهش 110 جدایه ی اندوفیت قارچی از کشت 820 قطعه ی گیاهی جداسازی شد و نرخ کلونیزاسیون 7/13 درصد محاسبه شد. شناسایی قارچ های اندوفیت به روش های ملکولی و میکروسکوپی صورت گرفت. جهت بررسی اثرات زیستی قارچ های اندوفیت، استخراج متابولیت های ثانویه داخل سلولی و خارج سلولی آن ها صورت گرفت. نتایج نشان داد که متابولیت های مذکور دارای اثرات ضدتکثیر سلولی و ضدقارچی بر روی قارچ مدل pyricularia oryzae و دارای اثرات ضدباکتریایی بر روی باکتری های گیاهی pseudomonas syringae، erwinia amylovora و bacillus sp. بودند. جهت بررسی قدرت بیوکنترلی اندوفیت ها، از کشت دو طرفه ی جدایه های اندوفیت قارچی با سه قارچ پاتوژن سرو یعنی diplodia seriata ، phaeobotryon cupressi و spencermartinsia viticola استفاده شد. تمامی جدایه های اندوفیت قارچی اثرات بازدارندگی از رشد پاتوژن ها را در سطح آزمایشگاهی نشان دادند. همچنین در این پژوهش 69 جدایه ی اندوفیت باکتریایی جداسازی شدند و پس از بررسی تنوع جدایه ها بر اساس میزبان، بافت گیاهی و منطقه ی جغرافیایی، اثرات ضدقارچی آن ها بر قارچ مدل p. oryzae نشان داده شد. در این پژوهش علاوه بر کشف گونه هایی با اثرات زیستی مفید، تعداد 12 گونه ی جدید برای فلور قارچی ایران معرفی شد. همچنین برای نخستین بار در سطح دنیا، قارچ های اندوفیت سرمادوست جداسازی شدند که دارای توانایی تولید متابولیت های ثانویه در دماهای نزدیک به صفر درجه سانتیگراد بودند.