عملکرد مولکول rna اغلب وابسته به ساختار فضایی آن است. از این رو مسئله طراحی رشته نوکلئوتیدی یک rna که به ساختار خاصی تا بخورد برای زیست شناسان، پزشکان و داروسازان حائز اهمیت است. این مسئله به مسئله معکوس تاشدگی معروف بوده و بدین صورت تعریف می شود که برای یک ساختار دوم rna داده شده،هدف پیدا کردن دنباله نوکلئوتیدی است که ساختار دوم آن (با حداقل انرژی آزاد) مشابه با ساختار داده شده باشد. رویکردی که ما برای حل این مسئله در پیش گرفته ایم بدین صورت است که ابتدا مولفه های تشکیل دهنده ساختار دوم هدف را بدست می آوریم و برای هر کدام از این مولفه ها رشته نوکلئوتیدی بهینه را با استفاده از یک الگوریتم مکاشفه ای محاسبه می کنیم. سپس رشته های نوکلئوتیدی این عناصر را با هم ادغام می کنیم تا رشته نوکلئوتیدی متناظر با ساختار هدف بدست بیاید. مزیت این رویکرد نسبت به رویکردهای موجود در این است که استفاده از این گونه الگوریتم ها را با طول نوکلئوتیدی زیاد، به حداقل رسانده است.