به منظور شناسایی فلور قارچی ریشه و طوقه گندم در استان زنجان، در طی سال زارعی 90-1389 از 58 مزرعه گندم کشت دیم و آبی استان زنجان نمونه برداری به عمل آمد که ارقام سرداری، آذر2، امید و الوند از جمله ارقام رایج کشت شده در این مزارع بودند. جهت جداسازی قارچ های آلوده کننده غیر سطحی (داخلی) قطعاتی از ریشه و طوقه ضدعفونی شده بوسیله هیپوکلریت سدیم 1-5/0 درصد روی محیط کشت های آگار دار قرار داده شدند و برای جداسازی قارچ های آلوده کننده سطحی از روش کشت مستقیم قطعات ریشه و طوقه بدون ضدعفونی سطحی روی محیط های کشت آگار دار حاوی آنتی بیوتیک استفاده شد. خالص سازی جدایه ها با استفاده از دو روش نوک ریسه و تک اسپور انجام گردید. جهت جداسازی، خالص سازی و تحریک اسپور دهی و شناسایی قارچ ها از محیط کشت های مناسب مختلفی استفاده شد. در مجموع 286 جدایه قارچ بدست آمد که از این میان، 228 جدایه متعلق به رده هیفومیست ها مورد بررسی و شناسایی قرار گرفتند. پس از مطالعه ویژگی های پرگنه، ویژگی های میکروسکوپی و استفاده از داده های مولکولی (در مورد جدایه هایی که شناسایی آن ها با بررسی ویژگی های مورفولوژیکی میسر نگردید)، این جدایه ها در 11 جنس و 26 گونه به شرح زیر قرار گرفتند: alternaria alternata, alternaria tenuissima, alternaria cf. .mouchaccae, aspergillus auricomus, aspergillus niger, bipolaris australiensis, bipolaris sorokiniana, botrytis sp., curvularia inaequalis, embellisia chlamydospora, embellisia cf. chlamydospora, fusarium acuminatum, fusarium avenaceum, fusarium chlamydosporum, fusarium equiseti, fusarium redolens, fusarium sambucium, fusarium scirpi, fusarium solani, fusarium sp., microdochium nivale=(fusarium nivale), periconia circinata, penicillium chrysogenum, trichoderma parceramosum, ulocladium atrumدر این میان گونه های aspergillus auricomus و botrytis sp. به ترتیب برای نخستین بار از ریزوسفر و طوقه گندم در ایران گزارش می شوند. در این بررسی بیش ترین فراوانی متعلق به گونه های مختلف جنس های fusarium,، embellisia، alternaria، bipolaris و ulocladium بود.