به منظور تعیین تنوع ژنتیکی 32 ژنوتیپ برنج، تعداد 19 نشانگر ssr مرتبط با qtl های کنترل کننده مقاومت به خشکی، مورد ارزیابی قرار گرفتند. از تعداد 19 نشانگر ssr، 15 نشانگر چند شکل بودند. که در مجموع تعداد 91 نوار چند شکل بین 32 ژنوتیپ تولید کردند. نشانگر های rm228 ,rm3 و rm231 با هشت نوار بیش ترین و نشانگر های rm317، rm153 وrm325 با سه و چهار نوار کم ترین تعداد نوار چند شکل را ایجاد نمودند. محتوای اطلاعات چند شکل (pic) نشانگر ها بین 17/0 تا 45/0 متغیر بود. تجزیه به مختصات اصلی بر پایه نشانگر های ssr نشان داد که دو مولفه اول توانستند مجموعاً 02/10 درصد از کل تفاوت بین ژنوتیپ ها را توجیه کنند. تجزیه خوشه ای به روش upgma بر اساس ضریب تطابق ساده و بر پایه نشانگر های ssr، 32 ژنوتیپ را در سه گروه قرار داد، که به ترتیب شامل 7، 15 و 10 ژنوتیپ شدند. تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر نشان داد که صحت گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای 9/96 در صد بود. هم چنین، تفاوت بین ارقام مورد مطالعه از نظر واکنش به تنش خشکی ناشی از پلی اتیلن گلایکول بررسی و خصوصیات جوانه زنی ارقام برنج در سطوح تنش 4- بار و 8- بار به همراه شاهد (آب مقطر) ارزیابی شد. نتایج حاصل از تجزیه واریانس نشان داد که تفاوت معنی داری بین ارقام، سطوح تنش و اثر متقابل رقم × تنش از نظر تمامی صفات مورفولوژیکی انداز ه گیری شده وجود دارد. بالاترین ضریب همبستگی بین صفات مورد مطالعه در بین صفات طول ساقه چه و وزن خشک ساقه چه مشاهده شد به طوری که مقدار این همبستگی در سطح شاهد 845/0، در سطح تنش 4- بار 979/0 و در تنش 8- بار برابربا 1 بود. تجزیه خوشه ای به روش وارد ارقام مورد مطالعه را در سطح شاهد و 4- درسه گروه مجزا و در تنش 8- در دو گروه مجزا قرار داد که به ترتیب در سطح شاهد 15، 8 و 9، در تنش 4- 3، 3 و 26 و در تنش 8- 3 و 29 ژنوتیپ در گروه ها قرار گرفتند. صحت گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای با تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر در سطح شاهد و تنش 4- بار، 100 درصد و در تنش 8- بار، 8/93 درصد بود. بررسی توانایی نشانگرها در جداسازی ارقام از نظر صفات اندازه گیری شده در شرایط تنش نشان داد که نشانگرهای rm 317 و rm325 با تعداد کمتر باند تولید شده (به ترتیب 3 و 4 باند) نسبت به سایر نشانگرهای موجود، دارای یک آلل جدا کننده ی ارقام از نظر عملکرد و اجزای عملکرد در شرایط تنش می باشند و می توانند در صورت تایید در آزمایشات تکمیلی دیگر در تکنیک انتخاب به کمک نشانگر (mas) در شرایط تنش مورد توجه قرار گیرند. در سطح مورفولوژیکی نیز، با تغییر سطح تنش، در میان ارقام برنج، بینام، دم زرد و صدری بیشترین حساسیت به تنش خشکی و کم ترین طول ریشه و هم چنین ژنوتیپ های شیرودی، لاین 44، لاین 831 و ir60 بیشترین مقاومت به تنش خشکی و بیشترین طول ریشه را تولید کردند.