خربزه (cucumis melo l.) یکی از گیاهان جالیزی است که از لحاظ اقتصادی دارای اهمیّت می باشد و در اکثر نقاط دنیا مورد استفاده قرار می‎گیرد. جمع آوری ژرم پلاسم از کارهای اساسی در برنامه های به‎نژادی است. با توجه به اهمیّت بررسی تنوع ژنتیکی، در این پژوهش تعداد 19 ژنوتیپ خربزه از دو کشور ایران و افغانستان جمع آوری گردید، سپس با استفاده از نشانگرهای مورفولوژیکی و مولکولی rapd مورد ارزیابی قرار گرفتند. این پژوهش در قالب دو آزمایش جداگانه به اجرا درآمد، در آزمایش اول تنوع مورفولوژیکی ژنوتیپ های خربزه با استفاده از 70 صفت مورفولوژیکی مربوط به بذر و گیاهچه، دوره رشد رویشی و میوه بر اساس توصیف نامه ipgri مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از تجزیه همبستگی ساده صفات در بین داده های مورفولوژیکی نشان داد که همبستگی های مثبت و منفی بین تعدادی از صفات وجود دارد، به طوری که طول میوه با صفات طول برگ، عرض برگ و طول دمبرگ همبستگی منفی نشان داد. هم چنین همبستگی مثبت بین طول برگ و عرض برگ به دست آمد. در تجزیه صفات به عامل ها، 14 عامل اصلی و مستقل 75/96 درصد از واریانس کل را توجیه نمود. تجزیه کلاستر بر اساس 14 عامل ترسیم شد و ژنوتیپ ها در فاصله 15 به 3 گروه اصلی تقسیم شدند. نتایج حاصل از تجزیه به کمک نشانگر مورفولوژیکی، تنوع وسیعی را در بین ژنوتیپ های مورد مطالعه نشان داد. در آزمایش دوم تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های مورد مطالعه خربزه با استفاده از نشانگر rapd مورد بررسی قرار گرفت. از 14 آغازگر 10 نوکلئوتیدی مورد استفاده، 135 باند چند شکل که اندازه آن ها بین 300 تا 3000 جفت باز با میانگین 10 باند در هر پرایمر بود، به دست آمد. درصد چند شکلی کل به دست آمده 36/96 درصد بود. تجزیه کلاستر بر اساس ماتریس تشابه و به روش upgma به دست آمد. دندروگرام حاصله در حد تشابه 48/0 ژنوتیپ ها را در 4 گروه اصلی قرار داد. در این پژوهش ژنوتیپ های خربزه گروه اینودوروس و کانتالوپنسیس از یکدیگر تفکیک نشدند. بیش ترین تشابه و فاصله ژنتیکی به ترتیب بین ژنوتیپ-های if1 و if2 از ایران (استان فارس) و ژنوتیپ am5 از افغانستان و رقم آناناسی (ik2) به دست آمد. ژنوتیپ-های با بیش ترین تنوع در این پژوهش را می توان در برنامه های به‎نژادی مورد استفاده قرار داد. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که ژنوتیپ های خربزه از کشور ایران و افغانستان به طور کامل از هم جدا نشدند، بنابراین نمی توان ژنوتیپ های خربزه را به‎طور کامل بر اساس منشأ از هم تفکیک کرد.