یکی از مهم ترین عوامل در گسترش موفق سطح زیر کشت درختان زیتون، شناسایی و انتخاب رقم مناسب برای هر منطقه می باشد. با توجه به افزایش سطح زیر کشت زیتون در بیست سال اخیر در کشور، همچنین با توجه به اینکه ایران به عنوان یکی از خاستگاه های زیتون در جهان مطرح می باشد، شناسایی و حفاظت از ارقام بومی از اهمیت ویژه ای برخوردار است. در این پژوهش از نشانگرهای مورفولوژیک و 20 نشانگر ریزماهواره جهت بررسی میزان تنوع در داخل ارقام زرد و روغنی و ارتباط بین طبقه بندی بر اساس صفات مورفولوژیک و مولکولی استفاده گردید. با استفاده از 18 نشانگر ریزماهواره، در مجموع 52 آلل تکثیر شد که 46 آلل (46/88%) چند شکل بودند. میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی (pic) 366/0 بود که بیشترین مقدار در جایگاه gapu89 و کمترین مقدار آن در جایگاهudo99-043 بود. کمترین مقدار احتمال یکسانی که نشان دهنده تنوع حداکثر کلون ها و قدرت تمایز بالای نشانگرها می باشد، در نشانگرهای gapu89، gapu72، udo99-012 و gapu71b به دست آمد. تجزیه خوشه ای داده های مولکولی، در حد تشابه 54 درصد کلون های مورد مطالعه را به پنج گروه تفکیک کرد. همچنین تجزیه خوشه ای با استفاده از صفات مورفولوژیک کمی و کیفی وجود سه و دو گروه اصلی را نشان داد. در تجزیه به مولفه های اصلی، صفات وزن تر میوه، وزن تر گوشت میوه در مولفه اول و صفات شکل میوه و هسته و درصد تشکیل میوه نهایی در مولفه دوم بیشترین تأثیر را در جدایی کلون ها به خود اختصاص دادند. نتایج به دست آمده جهت تشخیص کلون های این ارقام در مراحل اولیه رشد نهال ها، جهت احداث و توسعه باغ های یکنواخت و همچنین اهداف اصلاحی قابل استفاده است.