بیماری سیاهک پنهان جو توسط قارچ بازیدیومیستustilago hordei (pers.) lagerh. ، ایجاد می شود و از اغلب مناطق کشت جو در جهان گزارش شده است. این بیماری علاوه بر کاهش محصول در واحد سطح، از ارزش غذایی تعذیه ای محصولات نیز می کاهد و یکی از عوامل محدود کننده تولید جو در ایران به شمار می رود. با توجه به اهمیت بیماری و عدم وجود اطلاعات جامع و کامل پیرامون ساختار ژنتیکی جمعیت های این بیمارگر در استان خوزستان، در سال زراعی 88- 1387، 144 جدایه این بیمارگر از 36 منطقه کشت و کار جو در استان جمع آوری شد و تنوع ژنتیکی 100 و 60 جدایه از آن ها به ترتیب با نشانگرهای مولکولی rapd و rep-pcr بررسی شد. از میان 14 آغازگر تصادفی rapd استفاده شده، چهار آغازگر بر اساس تکثیر موفقیت آمیز و تکرارپذیری و تولید قطعات پلی مورفیک dna انتخاب شدند. چهار آغازگر rapd در مجموع، 71 لوکوس قابل رویت را مشخص نمودند که میانگین چند شکلی آن ها حدود 12/88 درصد بود. تجزیه خوشه ای الگوهای باندی حاصل از مجموع چهار آغازگر با استفاده از روش upgma و ضریب تشابه جاکارد، در سطح تشابه 75 درصد جدایه ها را در 46 گروه انگشت نگاری قرار داد. سه آغازگرrep-pcr استفاده شده برای بررسی تنوع ژنتیکی 60 جدایه u. hordei در مجموع توانستند 47 لوکوس، با قابلیت امتیاز دهی را شناسایی و تکثیر کنند که 3/71 درصد آن ها (34 لوکوس) چند شکل بودند. نشانگر rep-pcr، در سطح تشابه 75 درصد جدایه ها را در هشت گروه انگشت نگاری قرار داد که در مقایسه با نشانگرrapd تنوع کمتری را در میان جدایه ها نشان داد. آغازگرهای استفاده شده توانستند وجود تنوع ژنتیکی را در میان جدایه های جمع آوری شده نشان دهند و جدایه های برخی مناطق را تفکیک کنند هرچند گروه های انگشت نگاری بدست آمده با استفاده از نشانگرهای rapd و rep-pcr به طور کامل از نظر منشاء جغرافیایی قابل تفکیک نبودند. تجزیه خوشه ای داده های حاصل از تلفیق دو نشانگر rep-pcr و rapd در سطح تشابه 70 درصد، 50 درصد از جدایه های باغملک، 60 درصد از جدایه های رامهرمز و بهبهان، 62 درصد از جدایه های رامشیر و 65 درصد از جدایه های خرمشهر را تفکیک کرد. بیشترین میزان pic و mi مربوط به نشانگرrapd بود. علت بالاتر بودن شاخص نشانگری و نسبت چندگانه موثر نشانگر rapd در مقایسه با نشانگر rep-pcr، وجود تعداد جایگاه های ژنی چند شکل بیشتر به ازای هر آغازگرrapd نسبت به آغازگر rep-pcr بود. این پژوهش، اولین مطالعه در زمینه تنوع ژنتیکی جدایه هایu. hordei با استفاده از نشانگرهای مولکولی در دنیا می باشد. در بخش دیگر این پژوهش، به منظور معرفی ارقام مقاوم جهت کنترل بیماری سیاهک پنهان جو، مقاومت سه رقم و یازده لاین جو در شرایط مزرعه و گلخانه مورد ارزیابی قرار گرفت. بیمارگر در مزرعه و گلخانه با موفقیت مستقر شد و آلودگی بروز کرد. در گلخانه درصد آلودگی سنبله ها از صفر تا نه درصد متغیر بود. لاین kc70144 با نه درصد آلودگی سنبله حساس ترین لاین به بیماری سیاهک پنهان جو بود. در مزرعه لاین های 29wb-87-5، 5wb-79-12، 27wb-86-17 و 8wb-80-13 به بیماری سیاهک پنهان جو مقاوم بودند و بقیه لاین ها نسبت به بیماری حساس بودند که میزان حساسیت آن ها نسبت به بیماری سیاهک پنهان متفاوت و بین %32 تا %42 متغیر بود