جلبک دونالیلا یک ریز جلبک سبز فتوسنتز کننده می باشد که همراه با جذب گاز دی اکسید کربن و تولید اکسیژن، مواد آلی و محصولات شیمیایی مفیدی را تولید می کند.به همین دلیل در دهه های اخیر در صنایع داروسازی و شیمیایی از آن استفاده های متعددی صورت می گیرد. از این رو، شناسایی و طبقه بندی گونه های مختلف آن برای استفاده از توانایی های این جلبک اهمیت فراوانی دارد. با توجه به دقیق بودن روش های طبقه بندی موجودات با استفاده از تکنیک های مولکولی و اهمیت ژن های اندامکی در تاکسونومی موجودات، در این مطالعه امکان استفاده از ژنوم اندامکی کلروپلاستی برای طبقه بندی جلبک دونالیلا مورد تحقیق و بررسی قرار گرفت. در این تحقیق تعدادی از ایزوله های بومی ایران از بانک سلولی پژوهشکده بیوتکنولوژی شمالغرب و غرب کشور انتخاب شد و نواحی ژنی کلروپلاستی 16s rdna، psab و rbcl آنها شناسایی گردید.براساس مجموع نتایج آنالیز های روابط تکاملی با استفاده از نواحی ژنی اندامکی نشان می دهد که ناحیه ژنیpsab توانست تفرق ایزوله های جلبک دونالیلا را که در آنالیز rbcl از هم قابل تفکیک نبودند را نشان دهد. همچنین در این تحقیق مقایسه ای بین درخت فیلوژنتیکی براساس نواحی ژنی هسته ای 18s rdna و its و درخت فیلوژنتیکی براساس نواحی ژنی 16s rdna، psab و rbcl این ایزوله ها صورت گرفت که به نظر می رسد تشابه ها و تفاوت های هسته ای به طور کامل توسط نواحی ژن های اندامکی همراهی و حمایت نمی گردند و هر دو گروه مسیر مستقلی را در طی تکامل موجودات طی کرده اند. در درخت فیلوژنتیکی rbcl در مورد ایزوله های مورد مطالعه دونالیلا نیز افتراق جغرافیایی ایزوله های ایرانی و امریکایی مشاهده گردید. این امر احتمالأ نشان از نقش مهم توزیع جغرافیایی ایزوله های مختلف جلبک دونالیلا در تنوع ناحیه ژنی rbcl می باشد.