بیماری پاخوره که عامل آن gaeumannomyces graminis (sacc.) arx & oliver می باشد، مخرب ترین بیماری ریشه ی غلات در سراسر جهان است. این بیماری از نقاط مختلف ایران از جمله کرمانشاه نیز گزارش شده است. در این تحقیق طی فصل زراعی 89-88 حدود 3426 نمونه ی آلوده که علائم خوشه سفیدی و سر سفیدی نشان می دادند از 307 مزرعه گندم و جو در نقاط مختلف استان کرمانشاه جمع آوری گردید. پس از کشت و خالص سازی، قارچ های بیمارگر در نمونه های جمع آوری شده از 139 مزرعه گندم و جو شناسایی گردیدند که بیانگر شیوع بیماری پاخوره گندم در حدود نیمی از مزارع بازدید شده می باشد. از بین جدایه های به دست آمده 97 جدایه g. graminis با توزیع جغرافیایی مناسب جهت مطالعات بعدی انتخاب گردید. آزمون بیماری زایی جدایه های مذکور روی گندم و یولاف در شرایط اتاقک رشد مورد ارزیابی قرار گرفت. به استناد نتایج حاصل تمامی جدایه ها روی گندم بیماری زا بوده ولی قادر به ایجاد بیماری در یولاف نبودند، از این رو، همه ی جدایه ها به عنوان g. graminis.var. tritici شناخته شدند. به منظور حصول اطمینان از تشخیص صحیح جدایه های به دست آمده از دو جفت آغازگر شامل ns5: gga-rp, ns5: ggt-rp برای شناسایی و تفکیک واریته های بیمارگر استفاده شد. از بین 97 جدایه ی مذکور، 84 جدایه با تولید یک باند bp400 برای آغازگرهای ns5: gga-rp و یک باند bp 410 برای آغازگرهای ns5: ggt-rp به عنوان g. graminis. var. tritici شناسایی شدند، اما 13 جدایه هیچگونه باندی تولید نکردند. به منظور مطالعه ی تنوع ژنتیکی جدایه های g. graminis.var. tritici ، 60 جدایه بر اساس موقعیت جغرافیایی انتخاب گردید و تنوع ژنتیکی آن ها با استفاده از نشانگرهای rapd و issr مورد بررسی قرار گرفت. از بین 20 آغازگر rapd و 20 آغازگر issr هر یک 15 آغازگر که چند شکلی بیش تری نشان دادند انتخاب گردیده و برای ارزیابی تنوع ژنتیکی مورد استفاده قرار گرفتند. میزان چند شکلی حاصل از آغازگرrapd, issr و ترکیب دو نشانگر 100% بود. تجزیه و تحلیل خوشه ای داده های حاصل برای نشانگر های rapd-issr, issr, rapd به ترتیب بر اساس روش هایmedian, wpgma , compelet با استفاده از ضریب تشابه جاکارد صورت گرفت. تجزیه و تحلیل خوشه ای داده های حاصل از نشانگرهای rapd، issr و ترکیب دو نشانگر، جدایه ها را به ترتیب به هشت، شش و پنج گروه در بهترین نقطه برش تقسیم بندی کرد، اما هیچ ارتباط روشن و واضحی بین گروه بندی خوشه ای و منشأ جغرافیایی وجود نداشت. نتایج نشان دادند که نشانگرهای rapd و issr نشانگرهای مناسبی برای بررسی مطالعات تنوع ژنتیکی در جدایه های g. graminis.var. tritici هستند، اما به دلیل ارتباط نزدیک تر نشانگر rapd با منشأ جغرافیایی نشانگر مناسب تری به نظر می رسد.