یکی از ابزار های ضروری برای تحقق و گسترش تجارت الکترونیکی وجود بانکداری الکترونیکی است که همگام با سیستم جهانی مالی و پولی عمل و فعالیت های مربوط به تجارت الکترونیکی را تسهیل کند . سیستم پرداخت الکترونیکی یکی از خدمات بانکداری الکترونیکی است و برای اینکه یک سیستم پرداخت الکترونیکی بر سیستم سنتی برتری داشته باشد باید قابل اعتماد و عاری از نقص های امنیتی باشد . به منظور جذب ، نگهداری و بازگرداندن کاربران سیستم پرداخت الکترونیکی ، بهبود بخشیدن به ادراک مشتریان از امنیت و اعتماد در طول تراکنش های پرداخت الکترونیکی امری حیاتی می باشد . از این رو در این تحقیق سعی شده است ،تاثیر ادراک مشتریان از امنیت و اعتماد بر روی استفاده از سیستم پرداخت الکترونیکی بانک کشاورزی بررسی گردد . بدین منظور از روش تحقیق توصیفی از نوع همبستگی برای این تحقیق استفاده شده است . به دلیل اینکه بانک کشاورزی فهرست مشخصی از جامعه آماری در دسترس محقق قرار نداده است ، جامعه آماری به صورت نامحدود در نظر گرفته شده است و شامل تمامی کاربران سیستم پرداخت الکترونیکی این بانک می باشد . روش نمونه گیری به صورت تصادفی در دسترس می باشد. بدین صورت که از بین مشتریانی که مراجعه می نمایند مشتریانی که از خدمات پرداخت الکترونیکی استفاده می کنند را به صورت تصادفی انتخاب نموده ایم. با توجه به داده های گردآوری شده به وسیله پرسشنامه نتیجه گیری شده است که متغیرهای عملیاتی تحقیق که شامل حفاظت های فنی ، فرایندهای تراکنش ، بیانیه های امنیت، اعتماد ادراک شده ، امنیت ادراک شده و استفاده از سیستم می باشند ، از نظر نمونه مشتریان در وضعیت مناسبی قرار دارند . در نهایت به آزمون فرضیات تحقیق با استفاده از مدل معادلات ساختاری و تکنیک تحلیل مسیر پرداخته شده و پیشنهادات کاربردی بر اساس نتایج بدست آمده ارائه گردیده است .