سرخدار یکی از چهار سوزنی برگ بومی ایران است که از لحاظ دیرینه شناسی، دارویی و صنعتی بسیار با اهمیت می باشد. این گونه در طی قرن گذشته در نتیجه تغییرات اقلیمی و مدیریت نادرست رو به انقراض قرار گرفته است. در این تحقیق از نشانگر مولکولی ریزماهواره (ssr) جهت بررسی تنوع ژنتیکی گونه سرخدار جمع آوری شده از منطقه زرین گل علی آباد استفاده شد. به منظور بررسی تنوع مولکولی، استخراج dna ازبرگ های جوان به روش ctab صورت گرفت و سپس با استفاده از 8 جفت نشانگر ریزماهواره تکثیر صورت گرفت. نتایج حاکی از 71 آلل چند شکل در ژنوتیپ های مورد مطالعه بود که بیشترین آلل در جایگاه tax36 و کمترین آلل در جایگاه a-tb39 مشاهده شد. میانگین تعداد آلل های موثر در کل پایه ها 42/1، در پایه های ماده33/1 و در پایه های نر 32/1 بود. از بین جمعیت های مورد مطالعه، بیشترین مقدار pic (79/0) مربوط به نشانگر a-tb14 و کمترین مقدار pic (54/0) در نشانگرtax26 دیده شد. بیشترین تعداد آلل مشاهده شده، چندشکلی جایگاه ژنی و شاخص شانون در بین تمام پایه ها و پایه های نر و ماده در جمعیت 1 و کمترین تعداد آلل مشاهد شده، چندشکلی جایگاه ژنی و شانون به غیر از پایه های نر در جمعیت 3 دیده شد. بیشترین تشابه ژنتیکی بین دو جمعیت 1 و 4 و کمترین تشابه ژنتیکی بین جمعیت 3 و 4 مشاهده شد. میانگین شاخص f در کل جمعیت (gst) 0828/0، درون جمعیت ها (ht) 2663/0 و در بین جمعیت ها (hs) برابر 2442/0 بود. با توجه به وضعیت تعادل هاردی واینبرگ، حدود 98% از مکان های ژنی در کل جمعیت ها با استفاده از آزمون کای اسکوار معنی دار بود. دندروگرام تجزیه خوشه ای برای تمام جمعیت ها این پایه ها را به 6 گروه مجزا تفکیک نمود. بیشترین گروه بندی در جمعیت 1 و کمترین گروه بندی در جمعیت 3 صورت گرفت. تجزیه به مختصات اصلی (pco) نیز نتایج تجزیه خوشه ای را تایید نمود. با استفاده از آنالیز واریانس مولکولی (amova) تنوع درون جمعیتی از تنوع بین جمعیتی بیشتر بود.