در دنیای رقابتی امروز، افزایش کارایی زنجیره تأمین , در موفقیت شرکتها اهمیت بسزایی دارد. عوامل مختلفی مانع افزایش کارایی زنجیره تأمین می شوند که از آنها تحت عنوان پیچیدگی های زنجیره تأمین یاد می کنیم. این پژوهش تلاش در معرفی و بکارگیری روشی کارا و اثر بخش برای شناسایی و برخورد با این پیچیدگی ها دارد. این روش بر اصول سیستمی تئوری محدودیت ها استوار است. این رویکرد در یک شرکت بزرگ تولید کننده کاغذ در کشور پیاده سازی شده است. داده های مورد نیاز از طریق پرسشنامه و مصاحبه گردآوری شده و با روشی منطقی و گام به گام و به صورت تعاملی یعنی با نظرخواهی از کارشناسان و مدیران ارشد زنجیره تأمین شرکت تحلیل شده است تا نتایج از اعتبار کافی برخوردار باشند. در این راستا چهار گام اول فرآیند تفکر تئوری محدودیتها یعنی ترسیم نقشه اهداف واسطه، درخت واقعیت جاری و نمودار رفع تناقض ها و درخت واقعیت آتی مورد استفاده قرار گرفته اند. در گام اول با ترسیم نقشه اهداف واسطه یک شمای کاملا ساختار یافته از هدف مطلوب سیستم و شاخص های کلیدی موفقیت برای نیل به هدف و روابط میان آنها ترسیم شد. این امر درک مسیر حرکت سیستم به سوی موقعیت مطلوب را تسهیل می کند. در گام دوم با ترسیم در خت واقعیت جاری , موقعیت فعلی سیستم و میزان فاصله آن با وضعیت مطلوب ترسیم شده در نقشه اهداف واسطه نشان داده شد , با استفاده از روابط علی و معلولی دلایل ریشه ای هر کدام از آثار نامطلوب پیدا شد. در گام سوم با استفاده از نمودار رفع ناسازگاری ها تناقضات اصلی در سیستم مشخص شد. پس از شناسایی تناقضات توسط ابر تبخیر شونده و شناسایی علل ریشه بوسیله درخت واقعیت جاری نوبت به جستجو برای ارایه راه حل مناسب جهت رفع ناسازگاری ها و رفع علل ریشه ای جهت تحقق آثار مطلوب می رسد. آثار این راه حل ها از طریق نمودار درخت واقعیت آتی بررسی شدند. نتایج نشان می دهد فرآیند تفکر تئوری محدودیتها به میزان بسیار زیادی در شناسایی پیچیدگی های زنجیره تأمین و ریشه یابی آن ها مفید می باشند.