مسئله ی ولایت و خلافت انسان کامل، یکی از مهم ترین مسائل حکمت و عرفان اسلامی بوده که از دیرباز تاکنون با رویکردهای مختلف مورد بحث و بررسی قرار گرفته است. در این نحقیق ما به بررسی تطبیقی نظرات و آراء امام خمینی (ره) و ملاصدرا پیرامون مسئله ی ولایت و خلافت پرداخته ایم. از دیدگاه این دو اندیشمند، مقام غیب محض و وجود حضرت حق، برای ظهور و بسط فیض از طریق خلافت و ولایت، بر اساس مراتب خاصّی در عوالم وجود، سریان می یابد؛ از این رو با تبیین ولایت و اقسام آن و خلافت و جلوه های آن، در اندیشه ی فلسفی عرفانی این دو اندیشمند، مسئله ی خلافت حقیقت محمدیه (ص) و خلافت انسان کامل، مورد بررسی قرار گرفته و در ادامه، به بررسی مراتب انباء در عوالم وجود و حضرات خمس و عین ثابت انسان کامل پرداخته شد و با اثبات مسئله ی نبوت و امامت و این که این دو، ظهوراتی از حقیقت خلافت و ولایت هستند، بحث خاتمه می یابد. عمده ی نظرات و آراء امام (ره) با مبانی صدرایی هم سو و هم راستا است، هرچند که امام (ره) در ارائه ی مباحث، بیشتر با مشرب عرفان پیش رفته اند.