امروزه سوخت های پاک از جمله بیودیزل (استرهای مونوآلکیل اسیدهای چرب بلند زنجیر) بطور وسیعی مورد توجه قرار گرفته اند. در این پایان نامه ?- لینولئات متیل استر که یکی از اولین بیودیزل های بکار رفته در صنعت می باشد، مورد مطالعه قرار گرفته است. این مطالعات شامل محاسبات نظریه تابعیت چگالی، شبیه سازی های مونت کارلو و دینامیک مولکولی می باشد. مطالعات نظریه تابعی چگالی شامل بهینه سازی ساختاری و محاسبه انرژی بهینه مولکول منفرد در خلاء بوده و شبیه سازی های مونت کارلو ودینامیک مولکولی شامل مجموعه ای از مولکول ها به منظور شبیه سازی حالت و فاز تعادلی مولکول مورد نظر، می باشد. شبیه سازی های دینامیک مولکولی به دو طریق انجام شدند، به ترتیبی که در روش اول خروجی شبیه سازی مونت کارلو به عنوان ورودی دینامیک مولکولی به کار رفت و در دمای???k و فشار ? بار شبیه سازی دینامیک مولکولی انجام شد. در روش دوم سیستم به حالت گازی در دمای???k با تکنیک آنیلینگ به دمای ???k رسانده شد و در دمای ???k دینامیک مولکولی در مجموعه npt انجام شد. نتایج شبیه سازی به طور گرافیکی و عددی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته و نتایج شبیه سازی مونت کارلو و دینامیک مولکولی باهم مقایسه شده اند و همچنین نتایج شبیه سازی های دینامیک مولکولی گفته شده نیز با هم مقایسه شده اند و مشاهده شد که بهترین نتایج را دینامیک مولکولی در اختیار ما قرار می دهد. در پایان برخی پارامترهای تعادلی ?- لینولئات متیل استر با استفاده از نتایج سه روش فوق محاسبه شد.