جنس آلترناریا در سال 1912 با گونه alternaria alternata kiessler به عنوان ایزوله تیپ معرفی شد. بدلیل عدم حضور مرحله جنسی برای اکثر گونه های آلترناریا، این جنس در شاخه قارچ های میتوسپوریک یا قارچ های ناقص، طبقه بندی می شود. گونه های جنس alternaria عمدتا قارچ های ساپروفیت هستند. با این وجود بعضی گونه های این جنس قابلیت بیماریزایی کسب کرده و سبب ایجاد بیماری در طیف گسترده ای از میزبان ها می شوند. هرچند اکثر گونه های آلترناریا ساپروفیت های معمولی هستند ولی بعضی از گونه ها بیماریزای گیاهی هستند که بیماری های اقتصادی مثل شانکرساقه، سوختگی برگ یا لکه برگی روی تعداد زیادی از گیاهان مهم زراعی و باغی ایجاد می کنند. متابولیت های ثانویه قارچی ملکول های کوچکی هستند که برای رشد وتوسعه طبیعی ضروری نمی باشند ولی در موارد دیگری نقش ایفا می کنند. از جمله نقش های این ترکیبات می توان به خاصیت آنتی بیوتیکی و دارویی و بیوکنترلی آنها در کنترل آفات، بیماری ها و علف های هرز به عنوان گیاهانی که در مکان های ناخواسته می رویند و دارای توانایی خاصی هستند که آنها را از گیاهان اهلی متمایز می سازد، اشاره کرد. در این تحقیق به بررسی اثرات بیوکنترلی متابولیت های a. alternata روی جوانه زنی بذور و رشد گیاهچه های علف هرز تاج خروس، سلمه تره و گل جالیز و همچنین بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های a. alternata با استفاده از نشانگر rapdپرداخته شد. به این منظور پس از جداسازی و خالص سازی عصاره قارچ مذکور، بذور تاج خروس سلمه تره و گل جالیز با 2میلی لیتر از عصاره قارچ تیمار شدند. همچنین جهت بررسی اثر قارچ a. alternata بر روی گیاهچه های این گیاه سوسپانسیونی با غلظت 106 اسپور در میلی لیتر از اسپور قارچ تهیه و بر روی گیاهچه های 4-2 برگی تاج خروس اسپری پاشی شد. نتایج تحقیق نشان داد که با توجه به متفاوت بودن جدایه های a. alternata از نظر میزبان و محل جمع آوری بیشترین اثر بیوکنترلی متابولیت های قارچی بر روی جوانه زنی بذور، مربوط به جدایه های میزبان گندم با 96%بازدارندگی وکمترین میزان به جدایه های مربوط به میزبان پیاز با 66/79% بود. همچنین در تیمار گیاهچه ها با سوسپانسیون اسپور قارچ، فارغ از میزبان و محل جمع آوری جدایه ها، تمامی جدایه ها باعث مرگ و میر کامل بوته ها شدند. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی جدایه ها از نشانگر rapd استفاده شد. بررسی های ملکولی نشان داد که، جدایه های قارچی حاصل از شهرهای همدان، جیرفت، دزفول، بوشهر، اصفهان، اردبیل، نهاوندو شفت دارای تنوع درون گونه ای بودند هر چند نتایج این آزمایشات حاکی از تفاوت در میزان تاثیر بازدارندگی متابولیت های a. alternata جمع آوری شده از مناطق مختلف بر روی جوانه زنی و رشد علف هرز تاج خروس بوده است در عیت حال پتانسیل بیوکنترلی این قارچ بر روی علف هرز تاج خروس را نیز نشان می دهد.