ذرت در کنار گندم و برنج، یکی از سه محصول غله بسیار مهم جهان است و به عنوان یک محصول استراتژیک سطح زیر کشت و تولید آن در جهان و ایران رو به گسترش است. ویروس موزاییک ایرانی ذرت iranian maize mosaic virus (immv) از جنس nucleorhabdovirus و خانواده rhabdoviridae، اولین بار در سال 1347 در یک مزرعه ذرت در استان فارس مشاهده شد. دامنه میزبانی این ویروس محدود به خانواده گرامینه بوده و یکی از ویروس های مخرب ذرت در ایران محسوب می شود. علایم این ویروس به صورت خطوط کلروتیک موازی با رگبرگ اصلی در تمام یا قسمتی از سطح برگ می باشد. هر چند توالی کامل جدایه شیراز این ویروس در بانک ژن موجود می باشد ولی هیچگونه گزارشی از تنوع مولکولی جدایه های آن در دسترس نیست. در این تحقیق به منظور ردیابی و مقایسه مولکولی برخی جدایه های ویروس موزاییک ایرانی ذرت، در پاییز 1390 و بهار و تابستان 1391 از برگ های دارای علایم ویروسی از مزارع ذرت و گندم استان های اصفهان، چهارمحال و بختیاری، لرستان و فارس نمونه برداری شد. از برگ های دارای علایم، آر ان ای کل استخراج و به عنوان الگو در آزمون rt-pcr با استفاده از جفت آغازگر amlf/amlr که قسمتی از ژن ال ویروس را تکثیر می کند، استفاده شد. آلودگی تمامی نمونه های ذرت و تعدادی از نمونه های گندم جمع آوری شده از استان اصفهان (15 نمونه از 70 نمونه) به immv با تکثیر قطعه حدود 720bp تأیید شد. این اولین گزارش از آلودگی گندم به ویروس موزاییک ایرانی ذرت در استان اصفهان می باشد. به منظور انجام مقایسه های مولکولی، اندازه تمام طول ژن نوکلئو کپسید پروتئین ویروس ( 1480bp) با استفاده از جفت آغازگر amnupnhe/ amnloecorl در آزمون rt-pcr در نمونه های آلوده تکثیر شد. ژن نوکلئو کپسید پروتیین در هفت جدایه شامل پنج جدایه ذرت (جدایه های فرخشهر، کوهدشت، داران، دستگرد و شیراز) و دو جدایه گندم (جوهرستان و زیار) با توجه به منطقه جغرافیایی و میزبان، تعیین توالی شد. همردیف سازی توالی نوکلئوتیدی ژن نوکلئوکپسید پروتیین جدایه های این تحقیق و یک جدایه موجود در بانک ژن با شماره دسترسی dq186554، نشان دهنده میزان تشابه از 5/98% تا 8/99% بین آن ها بود. در بین هفت جدایه، جدایه فرخشهر کمترین تشابه را با سایر جدایه ها نشان داد، به طوریکه این جدایه بیشترین تشابه را با جدایه کوهدشت (zk2) و جدایه داران (za9) به میزان 9/98% وکمترین تشابه را با جدایه دستگرد (bk1) به میزان 5/98% داشت. جدایه کوهدشت (zk2) بیشترین تشابه را با جدایه شیراز (oz1) به میزان 8/99% و کمترین میزان تشابه را با جدایه فرخشهر (fz2) به میزان 9/98% نشان داد. در درخت تبارزایی که بر اساس توالی نوکلئوتیدی ژن نوکلئوکپسید پروتیین رسم شد، جدایه های این تحقیق در دو زیرگروه قرار گرفتند ولی جدایه ها بر اساس منطقه و میزبان تفکیک نشدند