اگرچه یافتن روش های جدید طراحی توسط مهندسان جهت کاهش هزینه های انرژی و افزایش کارایی سیستم ها بسیار مورد توجه است، اما پر واضح است که جهت عملیات کارای یک واحد، کنترل پذیر بودن به اندازه ی صرفه ی اقتصادی آن مهم می باشد. بنابراین انتخاب یک استراتژی مناسب کنترلی در مورد تمامی واحدهای عملیاتی بسیار مهم است. ترکیب واکنش، جداسازی و انتگراسیون حرارت داخلی سبب پیچیده تر شدن رفتار دینامیکی سیستم-های تقطیر واکنشی با تبادل حرارت داخلی نسبت به ستون های تقطیر معمولی می شود. این امر لزوم انتخاب ساختار کنترلی مناسب که قادر به نگه داشتن سیستم بر مقادیر مورد نظر در حضور اغتشاشات ورودی به سیستم باشد را آشکاراتر می سازد. در این مطالعه ابتدا یک برج تقطیر واکنشی با انتگراسیون حرارت داخلی برای تولید tame با استفاده از جعبه ابزار سیمیولینک نرم افزار متلب به صورت دینامیک شبیه سازی شده و پس از انتخاب مناسب متغیرهای کنترل شونده بر اساس مشخصات مورد نظر سیستم، توابع انتقال متغیرهای کنترل کننده و متغیرهای اغتشاش را بدست آورده و بر اساس این توابع عملکرد 15 ساختار کنترلی متفاوت را بر اساس معیارهای کنترل پذیری پایا و پویای ni، rga، mri، cn و dc بررسی نموده و ساختارهایی که بهترین رفتار را از نظر این معیارها داشته تعیین کرده ایم. در انتها جهت تست نتایج حاصل از معیارهای ارائه شده و انتخاب بهترین ساختار، شبیه سازی حلقه بسته سیستم را برای 3 ساختار کنترلی که نتایج بهتری داشتند انجام داده و عملکرد کنترل کننده ها را در حضور اغتشاش در غلظت خوراک و تغییر در میزان مقرر مورد بررسی قرار داده ایم. از این مطالعه نتیجه شد که بهترین ساختار کنترلی برای برج تقطیر واکنشی با انتگراسیون حرارت داخلی در تولید tame، الف) کنترل خلوص محصول بالای برج با استفاده از دبی جریان بازگشتی و ب) محصول پایین برج با اختلاف فشار میان قسمت های اصلاح کننده و عاریساز است.