نام پژوهشگر: ستار طهماسبی انفرادی

استخراج و خالص سازی ماده موثر گیاه دارویی peganum harmala l و بررسی بیان ژن های کاسپاز 8 و trail دخیل در مسیر خارجی آپوپتوز در سلول های سرطانی mda_mb_231
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1391
  سحر سید حسن طهرانی   رضا میرفخرایی

بر اساس یافته های بالینی اخیر بیش از 60? از بیماران مبتلا به سرطان از گیاهان به عنوان مکمل در درمان خود استفاده می کنند. گیاه اسپند، peganum harmala l به دلیل وجود آلکالوئیدهایی که دارد دارای خاصیت ضد سرطانی است. هدف از انجام این پایانامه بررسی اثر ضدسرطانی آلکالوئیدهای هارمین و هارمالین اسفند می باشد. آلکالوئیدهای اسپند استخراج و توسط دو تکنیک hplc و ft-ir شناسایی شدند و اثر آنها به عنوان یک ترکیب ضد سرطان بروی رده ی سلولی سرطانی mda_mb231 و mcf_7 بررسی شد. میزان مهارکنندگی رشد سلول های سرطانی توسط تکنیک mtt مطالعه شد و بیان ژن های caspase 8 و trail در مسیر خارجی و p21 وp53 از ژن های دخیل در سرطان به صورت کمی توسط rt-pcrو کیفی توسط real-time rt-pcr مورد سنجش قرار گرفت. دو ژن trail و caspase 8 در سلول های تحت تیمار با عصاره ی آلکالوئیدی نسبت به سلول های شاهد افزایش بیان داشتند و همچنین افزایش بیان دو ژن p21 وp53 پیشنهاد می کند که این عصاره علاوه بر القای آپپتوز، منجر به توقف چرخه سلولی نیز می شود که با استفاده از نتایج این تحقیق می توان امکان استفاده از این ترکیب آلکالوئیدی را به عنوان دارو یا مکمل دارویی در درمان سرطان پیشنهاد کرد.

بهبود کیفیت بیودیزل تولید شده از جلبک با استفاده از آنتی اکسیدانت های استخراج شده از آفتابگردان دارای اولئیک اسید بالا
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده علوم کشاورزی 1391
  محمدرضا عابدی   ستار طهماسبی انفرادی

امروزه با کاهش منابع سوخت های فسیلی و لزوم جایگزین کردن سوختی با قیمت مناسب و بالا بردن سطح کیفیت آن ها و رسیدن به عملکرد مشابه سوخت های فسیلی، سوخت های زیست محیطی بخصوص بیودیزل مورد توجه ویژه قرار گرفته اند. چالش اصلی استفاده از سوخت های سبز اکسیداسیون آن ها در زمان نگهداری می باشد. در این تحقیق تیمار های آنتی اکسیدانتی مورد بررسی عبارتند از: آلفا و بتا توکوفرول، آنتی اکسیدانت استخراج شده از روغن هیبرید سماء و اسید سیتریک جهت بهبود پایداری بیودیزل مشتق شده از روغن استخراج شده از جلبک گونه (chlorella vulgaris l) صورت گرفت. برای انجام تجزیه و تحلیل آماری نمونه ها در 3 تکرار و به صورت طرح کاملا تصادفی مورد ارزیابی قرار گرفتند. بیودیزل تولید شده به مدت دو ماه درون آون و در دمای 60 درجه سانتیگراد قرار گرفتند و سپس نمونه برداری هر 15 روز 1 بار انجام گرفت. نتایج آماری نشان دادند که استفاده از آنتی اکسیدانت مورد بررسی تا روز پانزدهم تقریبا با خواص آنتی اکسیدانت های قوی مشابهت دارد، ولی با گذشت زمان و بخصوص طولانی شدن زمان نگهداری خواص آنتی اکسیدانت ها از نظر پایداری در مقابل اکسیداسیون بیشتر متمایز می گردد. با توجه به اینکه این آنتی اکسیدانت از منابع گیاهی بدست آمده است و منشا طبیعی دارد احتمالا فاقد اثرات سوء احتمالی می باشد. آنتی اکسیدانت مورد نظر توانایی رقابت با آنتی اکسیدانت های آلفا و بتا توکوفرول را دارد و می تواند بعنوان آنتی اکسیدانت در صنعت سوخت های زیستی مطرح گردد.

تاثیر نانو ذرات fe3o4بر روی پروفایل پروتئینی باکتری سودوموناس آئروجینوزا سویه (ptsox4)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1391
  فاضله السادات بهرام پور   جمشید راهب

در این تحقیق تاثیر نانوذرات اکسیدآهن (fe3o4) بر روی پروفایل پروتئینی باکتری سودوموناس آئروجینوزا (ptsox4) بررسی شد. نانوذرات اکسیدآهن به روش هم رسوبی سنتز شد. بررسی توپوگرافی و ریز ساختار نمونه توسط پراکنش اشعه ایکس (xrd) و اندازه گیری اندازه ذرات توسط میکروسکوپ الکترونی روبشی (sem) انجام شد و میانگین اندازه ذرات 50-40 نانومتر بدست آمد. سویه دستکاری شده باکتری سودوموناس آئروجینوزا(ptsox4) توسط نانوذرات اکسیدآهن پوشش داده شد و برای اطمینان از پوشش نانوذرات بر روی باکتری از میکروسکوپ الکترونی روبشی (sem) استفاده شد. کل پروتئین های باکتری سودوموناس آئروجینوزا(ptsox4) پوشش داده شده و پوشش داده نشده استخراج شد. برای شکستن سلول ها از سونیکیتور استفاده شد. پروتئین های باکتری پوشش داده شده و پوشش داده نشده روی ژل یک بعدی (sds-page) و سپس روی ژل دو بعدی (2d) ران گردید. بررسی نتایج نشان داد که برخی از باند های پروتئینی حذف و برخی باندهای جدید ظاهر می شوند. ژل دوبعدی توسط نرم افزار melani آنالیز شد و لکه های مشابه با نمونه شاهد مشخص گردید. نتیجه حضور گروه پلی پپتیدی با وزن مولکولی 56-30 کیلو دالتون و حذف باندهای پروتئینی بین 56-30 و 65-56 کیلودالتون بود.

بهینه سازی استخراج و بررسی تنوع پروتئین های میتوکندریایی در جمعیت های آفتابگردان (helianthus annuus l.)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شاهد - دانشکده علوم کشاورزی 1391
  محمد رحیمیان   ستار طهماسبی انفرادی

چکیده مطالعه پروتئین میتوکندری گیاهی اطلاعات بسیار مفیدی در اختیار علم بیوتکنولوژی قرار می دهد. برای بدست آوردن پروفایل پروتئینی مطلوب، بهینه سازی جداسازی میتوکندری و استخراج پروتئین آن، نقش بسیار مهمی ایفا می کند. در این مطالعه، برای دستیابی به میتوکندری خالص و با غلظت پروتئینی کافی از بافت گیاهی آفتابگردان، سه پروتکل متفاوت مورد بررسی قرار گرفت. همچنین به منظور استخراج پروتئین از میتوکندری سه پروتکل مورد مقایسه قرار گرفت. با استفاده از روش sds-page، تنوع پروتئین میتوکندریایی بذور چهار رقم آفتابگردان شامل سه لاین سیتوپلاسم نرعقیم cms1 و cms2 با منشا ایتالیایی و cms3 با منشا ایرانی و یک لاین گرده دهنده مورد بررسی قرار گرفت. به دلیل تفاوت در میزان اسید اولئیک در لاین های cms2 و cms3، الکتروفورز دوبعدی در این لاین ها انجام گرفت. پروتکل ابداعی با تلفیق چند روش، به دلیل خلوص بیشتر (993/0 :550 a) و غلظت پروتئینی کافی (835/7 میلی گرم پروتئین میتوکندری از هر گرم بافت تازه) به عنوان پروتکل برتر و بهینه جداسازی میتوکندری ارائه گردید. به منظور بهینه سازی استخراج پروتئین از میتوکندری، روش تغییر شکل یافته carroll به دلیل تفکیک پذیری بسیار بالا و عاری بودن از هر نوع آلودگی غیر پروتئینی به عنوان پروتکل برتر و بهینه انتخاب گردید. تنوع پروتئین میتوکندریایی استخراج شده از بذر در بین سه لاین نرعقیم قابل توجه بود، گرچه لاین گرده دهنده ارتباط نزدیک تری با cms2 داشت. در الکتروفورز دو بعدی، یک باند پروتئینی با وزن 51 کیلو دالتون با نقطه ایزوالکتریک 3/6 به عنوان نشانگر پروتئینی تشخیص ژنوتیپ با اولئیک بالا و یا پایین شناسایی شد.

تنوع صفات مرفولوژیکی و پروتئین های ذخیره ای دانه در ژنوتیپ های زیتون ایران و مقایسه الگوی پروتئین دو بعدی ژنوتیپ های دارای ا-سید اولئیک کم و زیاد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شاهد - دانشکده کشاورزی 1391
  نصیبه شایگان   ستار طهماسبی انفرادی

ذخایر توارثی گیاهی در امر به نژادی از اهمیت ویژه ای برخوردار اند و حفظ آن ها از دیدگاه ملی و بین المللی بسیار ضروری می باشد. تنوع ژنوتیپ های زیتون در ایران زیاد است و شناخت این تنوع ژنتیکی می تواند به عنوان راهکاری در توسعه پایدار ژنتیکی گونه های گیاهی تلقی شود. از نیازهای اساسی توسعه کشت زیتون در کشور، شناسایی، ارزیابی، و جمع آوری ژنوتیپ های بومی و همچنین معرفی ارقام سازگار با اقلیم های مناطق مختلف می باشد. هدف از این پژوهش، بررسی تنوع ژنتیکی 23 ژنوتیپ زیتون ایرانی، براساس صفات مورفولوژیک کمی و کیفی (طبق دستورالعمل انجمن بین المللی زیتون (ioc)( ، گروه بندی ژنوتیپ های زیتون ایرانی و بررسی الگوهای الکتروفورتیک پروتئین های ذخیره ای دانه جهت تعیین فواصل ژنتیکی آن ها بوده است. آنالیز الکتروفورزی دو بعدی جهت بررسی الگوی پروتیینی بر اساس نقطه ایزوالکتریک، دو ژنوتیپ با بیشترین و کمترین اسید اولئیک مورد بررسی قرار گرفتند. برش دندروگرام حاصل از آنالیز کلاستر براساس ارزیابی هشت صفت مورفولوژیک از فاصله 15 واحدی، ژنوتیپ ها را به سه کلاستر گروه بندی کرد. الکتروفورزsds – page پروتئین های استخراجی، حضور 15 نوار را بر مبنای حرکت نسبی روی ژل آشکار ساخت که سه گروه پلی پپتیدی که شامل شش باند تکرارپذیر با اندازه های: {p1 (21 kda), p2 (25 kda), p3 (28 kda), p4 (31 kda), p5 (35 kda), p6 (45 kda)} بوده است. نه نوار دیگر چندشکلی در میان ژنوتیپ ها نشان دادند. در آنالیز الکتروفورز دو بعدی با استفاده از نرم افزار melani، تعداد 261 لکه در ژنوتیپ t20 و 275 لکه در ژنوتیپ t23 شناسایی شدند. با بررسی ژل های بدست آمده تفاوت های معنی داری در لکه ها از نظر آماری مشاهده شده. بیشترین تفاوت بین t20و t23 در دو لکه مشخص شد. آنزیمfad2 در موقعیت لکه ی با وزن مولکولی 43 کیلو دالتون و 7/8 =pi و آنزیم لیپوکسیژناز (lox) در موقعیت لکه ی با وزن مولکولی 98 کیلو دالتون و 5/5=pi تعیین گردیدند. وجود مقدار کم اسید اولئیک در ژنوتیپ 20t به دلیل بیان بیشتر آنزیم fad2 و آنزیم لیپوکسیژناز (lox) بود. در مقایسه نتایج تجزیه کلاستر ژنوتیپی (آنالیز پروتئین) و فنوتیپی (اگرونومیک)، تفاوت معنی داری بین گروه بندی ژنوتیپ-ها دیده نشد. بدین ترتیب نشانگرهای فنوتیپی نمی توانند به تنهایی جهت شناسایی و خصوصیت شناسی ارقام بدون در نظر گرفتن پروفایل پروتئینی آن ها مورد استفاده قرار گیرند.

استخراج، شناسایی و جداسازی هارمالین از گیاه اسفند و افزایش آن به عنوان یک افزودنی به داروی ضدسرطان با استفاده از نانوفناوری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زنجان - دانشکده علوم 1392
  فریبا بوربوری   ستار طهماسبی انفرادی

است. این بدین معنی است که ریسک فشارخون بالای ناشی ازخوردن غذاهای غنی از تری آمین مثل پنیر با وجود هارمالین در مقایسه با بازدارنده های غیر برگشت پذیری مانند فنلزین بسیار کمتر می باشد. همین خاصیت هارمالین باعث می گردد، این گونه تصور شود که اثربخشی بعضی از داروها با وجود این آلکالوئید هارمالا افزایش بیابد. از جمله اثرات مهم آلکالوئیدهای اسپند در انسان تاثیرات روان گردانی آن هاست که ناشی از خاصیت بلوکه کننده آن در مقابل آنزیم مونو آمین اکسیداز می باشد. هارمالین به عنوان عضوی از خانواده آلکالوئیدهای هارمالا میباشد که خواص دارویی آن ها به ویژه در درمان بیماری های سیستم عصبی از جمله عارضه پارکینسون تاکنون مبرم بوده است .به تازگی محققان به این نتیجه رسیده اند که بازدارنده های بتا کربولینی از قبیل هارمالین باdna نیز پیوند برقرار کرده و میتواند خاصیت ضد سرطانی نیزداشته باشد. در این مطالعه استخراج و خالص سازی دو نمونه از موثرترین این بتا کربولینها شامل هارمین وهارمالین از گونه گیاه اسفند صورت می گیرد و در انتها از طیف سنجیهای h-nmr و hplc جهت شناسایی آلکالوئیدها استفاده می گردد. هارمالین خالص شده بر روی نانوذرات سیلیکای sba-15 کلسینه شده و در ادامه بر روی نوع آمین دار شده ی آن بارگذاری می شود و رهایش آن در شرایط محیطی مشابه با بدن انسان مورد بررسی قرار می گیرد و از طیف سنج جذبی uv جهت تعیین میزان داروی رها شده استفاده می گردد.

تاثیر عصاره آلکالوئیدی دانه اسپند بر بیان ژن های دخیل در مسیرمیتوکندریایی آپوپتوز (مسیر داخلی آپوپتوز) در سلول های سرطانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1391
  سمیه هاشمی شیخ شبانی   رضا میرفخرایی

بتاکربولین آلکالوئید ها مانند هارمین و هارمالین از عمده ترین آلکالوئید های موجود در دانه ی اسپند peganum harmala l می باشند که به دلیل نقش احتمالی آنها در درمان سرطان مورد توجه قرار گرفته اند. تاثیر آلکالوئید های مذکور پس از استخراج و شناسایی در مهار رشد سلول های سه رده ی سرطانیmda_mb_231 ، skbr-7 و sknmc مورد بررسی قرار گرفتند.تغییرات مورفولوژیکی و وقوع آپپتوز توسط کیت آنکسین مورد ارزیابی قرار گرفتند. میزان بیان ژن های bax، bcl-2، bid، puma در مسیر داخلی به صورت کمی و کیفی به ترتیب توسط rt-pcrو real-time pcr مورد سنجش قرار گرفت. نتایج نشان داد که عصاره ی آلکالوئیدی حاوی هارمین و هارمالین رشد و حیات سلول های سرطانی مورد بررسی را با القای آپپتوز کاهش می دهد. کاهش بیان در ژن ضد آپپتوز bcl-2 و افزایش بیان در ژن های آپپتوزی bax وpuma نقش این عصاره ی آلکالوئیدی را بر فعال سازی مسیر داخلی آپپتوز تایید می نماید. افزایش بیان ژنbid به عنوان رابط مسیر داخلی و خارجی، تاثیر این عصاره را بر هر دو مسیر اشاره دارد. این نتایج اثر ضدسرطانی هارمین وهارمالین را ثابت می کند.

تأثیر دمای محیطی هنگام فعالیت ورزشی مقاومتی بر سازگار¬ی های رشدی عضله اسکلتی موش صحرایی نر پس از 8 هفته تمرین
پایان نامه دانشگاه تربیت معلم - تهران - دانشکده تربیت بدنی علوم ورزشی 1393
  محسن محمدنیا احمدی   ستار طهماسبی انفرادی

هدف پژوهش حاضر بررسی تأثیر دمای محیطی (غوطه وری در آب) هنگام فعالیت مقاومتی بر وزن و محتوای پروتئینی فاکتورهای رشدی (myod و مایوستاتین) و محافظتی (70hsp) منتخب در عضله fhl و حداکثر قدرت بالا رفتن از نردبان در موش صحرایی نر بود. بدین منظور 40 سر موش صحرایی نر نژاد اسپراگ-داولی بطور تصادفی به چهار گروه 1- کنترل (وزن 97/7±5/208 گرم)، 2-¬ تمرین مقاومتی (وزن 66/9±66/209 گرم)، 3- تمرین مقاومتی و غوطه وری در آب با دمای طبیعی (وزن 28/7±22/218 گرم) و 4- تمرین مقاومتی و غوطه وری در آب سرد (وزن 62/9±10/220 گرم) تقسیم شدند. برنامه تمرینی شامل 3 نوبت 5 تکراری بالا رفتن از نردبان 120 سانتیمتری بود (3 روز در هفته، 8 هفته) که از طریق اتصال کیسه ای محتوی وزنه ای معادل درصدی از وزن بدن به دم حیوان انجام شد. طی 8 هفته، وزنه بطور تدریجی افزایش می یافت. در فاصله استراحتی بین نوبت ها و در پایان نوبت سوم، موش های گروه های 3 و 4 به ترتیب درون استخر آبی با دمای ?c 27 و ?c 14 قرار گرفتند. حداکثر قدرت بالا رفتن از نردبان موش در آخرین جلسه تمرینی سنجیده شد. نمونه عضله fhl، 24 ساعت پس از انجام آخرین جلسه برداشته شد و پس از وزن-کشی و لیز شدن با بافر ریپا جهت تجزیه و تحلیل بعدی مورد استفاده قرار گرفت. سطوح پروتئینی myod، مایوستاتین و 70hsp با استفاده از روش الایزا سنجیده شد. تحلیل واریانس یک طرفه و آزمون تعقیبی توکی در سطح معنی داری 05/0 نشان داد که برنامه 8 هفته ای باعث افزایش وزن نسبی عضله fhl در گروه های تجربی در مقایسه با گروه کنترل شد، حال آنکه تفاوت فقط در گروه 3 و 4 معنی¬دار بود (012/0= p). کاهش معنی¬دار سطح مایوستاتین عضله fhl در گروه¬های تجربی در مقایسه با گروه کنترل نیز اثر دیگر برنامه 8 هفته ای بود (001/0= p). از طرف دیگر این برنامه سطح myod در عضله fhl را فقط در گروه تمرین مقاومتی بطور معنی داری افزایش داد (027/0= p). البته نسبت myod به مایوستاتین در هر سه گروه تجربی به گونه معنی¬داری بیشتر از گروه کنترل بود (001/0= p). افزایش معنی¬دار سطح 70hsp در عضله fhl نیز فقط در گروه تمرین مقاومتی و غوطه¬وری در آب طبیعی مشاهده شد (04/0= p). در نهایت اگرچه برنامه 8 هفته¬ای منجر به افزایش معنی¬دار حداکثر قدرت بالا رفتن از نردبان موش-های گروه¬های تجربی در مقایسه با گروه کنترل شد (001/0= p) ولی بین سه گروه تجربی تفاوتی مشاهده نگردید. این یافته¬ها نشان می¬دهد که غوطه¬وری در آب طبیعی هنگام اجرای فعالیت مقاومتی، احتمالاً اثر سودمندی بر افزایش سطح پروتئینی 70hsp و کاهش سطح پروتئینی مایوستاتین عضله fhl اعمال نموده و از این طریق، افزایش بیشتر قدرت و توده عضلانی متعاقب تمرین مقاومتی را امکان¬پذیر می¬سازد.

تاثیر الیسیتور اگزالیک اسید بر روی بیان پروتئین ها و ژن های درگیر مقاومت به اسکلروتینا در آفتابگردان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1392
  ضعیفی زاده بابلان محمد   امیر موسوی

کپک سفید (sclerotinia sclerotiorum) یکی از بیماری های نکروتروفیک مهم گیاهی است که خسارت آن در بیش از ??? گونه گیاهی گزارش شده است. فاز اولیه آلودگی گیاهان توسط این پاتوژن از طریق الیسیتورها صورت می گیرد. مهم ترین الیسیتور این قارچ اگزالیک اسید می باشد. به منظور بررسی اثر الیسیتور اگزالیک اسید در بیان پروتئین ها و ژن های موثر در پاسخ گیاه به بیماری کپک سفید ناشی از s. sclerotiorum ، دو لاین نر عقیم مقاوم (tub) و حساس (sat1) آفتاب گردان (helianthus annuus) انتحاب شدند. الیسیتور اگزالیک اسید 20 میلی مولار با زمان های 2، 6، 12 و 24 ساعت به همراه تیمار کنترل (آب) به صورت آزمایشات فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی در مرحله دو کوتیلدونی به میزبان اعمال گردید. برگ های هر بوته به طور جداگانه در زمان های اعمال تیمار برداشت شد و یک برگ برای انجام آزمایشات پروتئومیکس و برگ دیگر برای آزمایشات آنالیز بیان کمی ژن ها مورد استفاده قرار گرفت. استخراج پروتئین به روش (tca) تغییر یافته انجام شد و آنالیز پروتئومیکس با استفاده از نوار های غیر خطی آکریل آمیدی آمرشام ((pi:3-10 صورت گرفت. لکه های افتراقی استاندارد شده معنی دار از طریق طیف سنجی جرمی (maldi tof tof)،شناسایی شد که بدون در نظر گرفتن پروتئین های ذخیره ای، 15% آنها را پروتئین های چرخه انرژی، 40% درصد آنزیم های اکسیدوردوکتاز و 30% درصد آنزیم های ترانسفرازی، لیازی و فاکتورهای رونویسی تشکیل می دادند. نفوذ اگزالیک اسید در لاین حساس پس از دو ساعت تیمار و در لاین مقاوم پس از شش ساعت مشاهده شد. مقاومت غشاء در لاین مقاوم مربوط به تخریب دیر هنگام غشا به خاطر فعالیت کم لیپوکسیژناز در لاین مقاوم نسبت به لاین حساس بود. پس از نفوذ اگزالیک اسید، آنزیم های آنتی اکسیدانت از جمله سوپر اکسید دیسموتاز، کاتالاز و اگزالات اکسیداز در لاین مقاوم به طور معنی دار بیشتر از لاین حساس فعالیت داشتند. اگزالیک اسید در هر دولاین مورد بررسی، ایزوسیترات سنتاز را در چرخه tca افزایش داده بود، در لاین حساس با فعال شدن ایزوسیترات لیاز و در نهایت مالات سنتاز مسیر گلی اکسیلات نیز فعال شده و میزان مالات را افزایش داده بود در صورتی که در لاین مقاوم چرخه tca فعال تر شده و مالات از طریق مالات دهیدروژناز افزایش یافته بود. این امر میتواند بیانگر این مطلب باشدکه تولید atp در لاین مقاوم بیشتر از لاین حساس بوده زیرا مقاومت در برابر الیسیتور قارچی یک استراتژی انرژی بر می باشد و رقم مقاوم با تولید انرژی توانسته مقاومت را تامین نماید. در صورتی که در لاین حساس کمبود atp به نظر میرسد به دلیل تغییر ایزوسیترات لیاز به گلی اکسیلات باشد. کمبود atp و بیان ژن hsr 203j نشان گر فعالیت فوق حساسیت و هدایت سلول ها به سوی مرگ برنامه ریزی شده سلولی در لاین حساس بوده چراکه قارچ نکروتروفیک کپک سفید در لاین های حساس از طریق افزایش مرگ برنامه ریزی شده سلولی باعث ایجاد آلودگی می گردد. علت انتخاب استراتژی مقاومت به قارچ های بیوتروف به جای قارچ نکروتروف عامل کپک سفید، مربوط به بیان ژن های فاکتور رونویسی wrky4 و wrky70 در لاین حساس بود که القاء کننده مسیر سالسیلیک اسید می باشند و در لاین مقاوم کاهش بیان فاکتوررونویسی wrky4 و wrky71، و افزایش بیان wrky33، wrky25 و wrky52 اتفاق افتاده است که مسیر جاسمونات و اتیلن را افزایش می دهد و القاء کننده مقاومت به قارچ های نکروتروف می باشد. بنابراین می توان گفت مقاومت به الیسیتور قارچ s. sclerotiorum در گیاه مقاوم، پلی ژنیک بوده که پروتئین ها و ژن های مختلفی ازجمله ژن ها و پروتئین های درگیر در مهار تخریب غشائی، چرخه انرژی و همچنین آنتی اکسیدانت ها در این مسیر نقش عمده ای را ایفا می نمایند و با تنظیم بیان ژن ها از طریق فاکتور رونویسی wrky، استراتژی مسیر جاسمونات و اتیلن را فعال می سازند و مانع مرگ برنامه ریزی شده سلولی می گردند. بنابرین به نظر میرسد با دستورزی بر روی ژن فاکتور رونویسی wrky، بتوان تنظیم بیان شبکه ای از ژن های مرتبط با سیستم مقاومت به قارچ s. sclerotiorum در گیاه آفتابگردان کنترل ودر غربالگری مورد استفاده قرار داد.

استفاده از الگوی پروتئینی به منظور تشخیص منابع ژرم پلاسم زیتون ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور مرکز - دانشکده کشاورزی 1389
  لیلا باقری   ستار طهماسبی انفرادی

ژنتیک جمعیت ها به دو موضوع عمده توصیف ساختار ژنتیکی جمعیت ها و تئوری پردازی نیروهای موثر در تکامل جمعیت ها می پردازد.یکی از اهداف استفاده از مارکرهای مولکولی ای که همبستگی با صفات فنوتیپی و ژنتیکی دارند، شناسایی و طبقه بندی گیاهان می باشد.از طرفی مطالعه پروتئوم و ساختن یک پروتکل برای نقشه برداری پروتئوم یا این امکان را داده است تا گامی منطقی جهت تبدیل نشانگرهای تصادفی به نشانگرهای اختصاصی بر اساس استفاده از پروفیل یا الگوی پروتئینی در صورت امکان برداشته شود . دراین طرح با مطالعه الگوی پروتئین های ذخیره دانه زیتون، با استفاده از مارکرهای مولکولی پروتئینی و مارکرهای فنوتیپی، نتایج بدست آمده از مطالعات، منتهی به شناخت سه گروه از پلی پپتیدهای ساختاری اصلی گردید که توسط آنالیز الکتروفورزی پروتئین های ذخیره ای دانه، به ترتیب با وزن ملکولی : p1 (21 kda) p2 (25 kda) p3 (28 kda) p4 (31 kda) p5 (35kda) p6 (45 kda) بدست آمدند. این نتایج با استفاده از پروتکل ارائه شده در رابطه با استفاده از الگوی پروتئینی به عنوان مارکر مولکولی استاندارد در شناسایی گونه های مختلف گیاه زیتون(olea europaea l.) جهت غربالگری این گونه و تفرق آنها با سایر گونه های مشابه آن به دست آمدند. در این تحقیق با اجرای آزمایشات مختلف بر اساس پروتکل های موجود، پروتکل مناسبی برای استخراج پروتیین های دانه تهیه گردید. با استفاده از آنالیز الکتروفورزی sds-page کلیه پلی پپتیدهای ساختاری اختصاصی گونه europaea l. olea در سه پاکت با وزن ملکولی مختلف که به ترتیب شامل یک ، سه و دو باند می باشند، مشخص گردیدند. نتایج قابل توجه در آنالیز الکتروفورزی sds-page مورد طبقه بندی و ترسیم کلاستر قرار گرفتند. در آنالیز الکترفوروزی دو بعدی(2d) تعداد 250 لکه شناسایی شد و تفاوت بین 23 ,t 25 t در 3 لکه مشاهده گردید. با بررسی در سایت ncbi و مقایسه نقطه pi و mw تئوریک لکه های مشاهده شده، ارتباط نزدیک بین فعالیت و بیان ژن های fad2 و fad3 و مقادیر اسیدهای چرب ارزیابی شده در ارقام مختلف با مقادیر اسیدچرب های لینولئیک و لینولنیک مشخص گردید. به این ترتیب استفاده از پروفایل یا الگوی پروتئینی نه تنها در تشخیص منابع ژرم پلاسم زیتون در ایران کاربرد خواهد داشت ، بلکه آغازی در مطالعات برروی تعیین کیفیت روغن زیتون نیز خواهد بود. در مقایسه نتایج تجزیه کلاستر ژنوتیپی (آنالیز پروتئین) و فنوتیپی (اگرونومیکی)، شباهت معنی دار در داخل و بین جمعیت ها دیده نشد. بدین ترتیب مارکرهای فنوتیپی نمی توانند به تنهائی جهت شناسائی و خصوصیت شناسی ارقام بدون در نظر گرفتن پروفایل پروتئینی آنها مورد استفاده قرار گیرند.

شناسایی و جداسازی ژن دلتا 4 دساچوراز از ریزجلبک isochrysis sp.
پایان نامه دانشگاه خلیج فارس - بوشهر - دانشکده علوم دریایی 1392
  آرش معصومی   مهدی محمدی

زیست فناوری یکی از علومی است که امروزه گسترش آن و همچنین گسترش صنایع مرتبط با آن یکی از شاخص های توسعه کشور ها می باشد. با توجه به این نکته که 70% موجودات عالم ساکن دریا اند، زیست فناوری دریا اهمیت مضاعفی پیدا می کند. تولید مواد با ارزش افزوده بالا از موجودات دریایی به ویژه ریزجلبک ها یکی از اهداف تعریف شده این بخش است که به تبع آن بررسی ژن های مسیر ساخت این مواد نیز می تواند اهمیت یابد. آنزیم انتهایی مسیر ساخت دکوساهگزائنوئیک اسید(dha) در ریزجلبک isochrysis sp.، مرغوب ترین اسید چرب امگا 3، دلتا 4 دساچوراز نام دارد که سبب تبدیل dpa به dha می شود که در این تحقیق اقدام به جداسازی ژن آن شده است. در ابتدا شناسایی مولکولی ریزجلبک با نشانگر های مولکولی s18 و s23 انجام گردید که مشخص شد شناساگر مولکولیs23 شناساگر مناسب تری برای شناسایی این ریزجلبک می باشد. سپس برای بدست آوردن شرایط بهینه رشد این ریزجلبک سه تیمار نوری و سه تیمار شوری در نظر گرفته شد که مشخص شد این ریزجلبک در شرایط دوره نوری 24:0 در نور 1500 لوکس بیشترین رشد را دارد. علاوه بر این مشخص شد که شوری تاثیری معناداری بر میزان رشد این ریزجلبک نمی گذارد. در انتها اقدام به جداسازی ژن آنزیم دلتا 4 دساچوراز از ریزجلبک isochrysis sp. شد. علاوه بر گزارش یک ژن جدید از آنزیم های دلتا 4 دساچوراز، 4 موتیف موثر در بیان این ژن مشخص گردید.

بررسی بیوانفورماتیکی، تعیین توالی و الگوی بیانژن های اسید چرب دساچوراز در ارقام مرغوب و نامرغوب زیتون (oleaeuropaea l.)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - پژوهشکده علوم زیستی 1393
  فرشید پروینی   اسماعیل ابراهیمی

زیتون (oleaeuropaeal.)، ششمین گیاه روغنی جهان است.کیفیت بالای روغن زیتون، به تعادل ترکیب اسیدهای چرب و وجود ترکیبات آنتی اکسیدانی آن برمی گردد.سطح غیر اشباع سازی اسیدهای چرب که حاصل عمل آنزیم های اسید چرب دساچوراز(fad) است، ارزش اقتصادی روغن ها را تعیین می کند.از سوی دیگر، میوه زیتون با داشتن دو بافت تجمع کننده روغن یعنی دانه و مزوکارپ، سیستم ویژه ای را برای تنظیمfad هانمایندگی می کند. با این حال،تحقیقات در زمینه تنظیم فضایی-زمانی بیان این ژن ها در زیتون بسیار محدود است. در این پژوهش، به منظور درک سازوکارهای مولکولی عامل تفاوت بین ارقام مرغوب (ماری و کرونیکی) و نامرغوب (شنگه و آربکین) زیتون، میوه ها هر دو هفته یکبار پس از تمام گل، از اردیبهشت تا آذر ماه برداشت شد.ترکیب اسیدهای چرببا دستگاهgc ، میزان روغن با دستگاه nmr و بیان نسبی ژن های oesad ،oepfad2-1، oepfad2-2، oefad6، oefad7 و oefad3با تکنیک real time pcr، در دو بافت روغنی دانه و مزوکارپ و طی مراحل نمو و رسیدگی میوه بررسی شد.نتایج نشان داد که بیان ژن های fad، وابسته به رقم، بافت و مرحله نموی میوه تنظیم می شود. ارقام ماری و شنگه به ترتیب، بالاترین و پایین ترین میزان بیان ژن oesad را نشان دادند که با الگوی تغییرات میزان اولئیک اسید و روغن آنها در بافت مزوکارپ منطبق بود. همچنین، بالاترین میزان بیان ژن oesad در ارقام مورد مطالعه، در مراحل اولیه نمو بافت دانه که بالاترین میزان بیوسنتز روغن اتفاق می افتد، مشاهده گردید. الگوی بیان ژن های اولئات دساچوراز نیز نشان داد که بیان ژن oepfad2-2 انطباق بالایی با تغییر میزان لینولئیک اسید بافت مزوکارپ دارد و به نظر می رسد که oepfad2-2، ژن کلیدی مسئول میزان لینولئیک اسید بافت مزوکارپ میوه زیتون می باشد. همچنین، مطالعات بیانی نشان داد که ژن oepfad2-1 در مراحل اولیه نمو و ژن oepfad2-2 در مراحل نهایی نمو مسئول تعیین میزان لینولئیک اسید روغن دانه زیتون هستند. بررسی بیان ژن های لینولئات دساچوراز نیزنشان داد که آنزیم هایoefad7 و oefad3 در تعیین میزان لینولنیک اسید روغن به ترتیب در بافت های مزوکارپ و دانه نقش دارند. همچنین، تلاش برای شناسایی ژنهای جدید oesad،منجر به جداسازی cdna کامل ژن های oepsad1، oepsad2 و oepsad3 از رقم پیکوال گردید. در ساختمان اولیه آنزیم های oepsad جداسازی شده، پپتید نشانه انتهای آمین و دو موتیف حفاظت شده eexxh و dexxh موسوم به جعبه های هیستیدینی که در واکنش کاتالیتیکی آنزیم های sadنقش دارند،شناسایی شد. در حالی که، آنزیم های oepsad1 و oepsad2 95% یکسانی توالی آمینواسیدی را نسبت به یکدیگر دارا بودند، oepsad3 به ترتیب 78% و 77% یکسانی توالی را باoepsad1 و oepsad2 نشان داد.بررسی مقایسه ای توالی نوکلئوتیدی و آمینواسیدی هر یک از oesadها در دو رقم بومی ماری و شنگه وجود 6 چندشکلی تک نوکلئوتیدی(snp ) بدون تغییر در توالی آمینواسیدی در ژن oesad1، 10 snpبا یک جهش بدمعنی (c به g) که منجر به تبدیل اسید آمینه گلوتامین (caa) در رقم شنگه به اسید گلوتامیک (gaa) در ماری گردیده در ژن oesad2 و نهایتا 3 snp با دو جهش بدمعنی که یکی منجر به تبدیل اسیدآمینه شماره 20 یعنی لوسین در ماری به ایزولوسین در شنگه و دیگری موجب تبدیل اسیدآمینه شماره 285 یعنی آلانین در ماری به والین در شنگه گردیده است، در ژن oesad3 را نشان داد. از سوی دیگر، روند افزایشی و میزان قابل توجه بیان ژن oesad2 طی نمو بافت مزوکارپ دو رقم ماری و شنگه در مقابل بیان پایین ژن هایoesad3و oesad1نشان داد که ژن oesad2، ژن اصلی مسئول تعیین میزان اولئیک اسیدروغن زیتون می باشد.در مجموع، نتایج این مطالعه، بیان وابسته به رقم، بافت و مرحله نموی میوه را برای تمامی ژن های fad بررسی شده نشان داد. همچنین، عامل نسبت بالای اولئیک به لینولئیک (o/l) روغن در رقم ماری نسبت به رقم شنگه، بیان بالای ژن oesad2و بیان پایین ژن oepfad2-2 در رقم ماری می باشد.

مطالعه پروتئومیکس افتراقی توده های منتخب اسپند ایرانی (.peganum harmala l) به منظور ارزیابی مقایسه ای ماده های موثره هارمین و هارمالین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده کشاورزی 1393
  سپیده نیازی   ستار طهماسبی انفرادی

هارمین و هارمالین از عمده آلکالوئیدهای بتاکربولینی موجود در دانه گیاه اسپند (peganum harmala l.) هستند، که به¬عنوان ماده¬های مؤثره گیاهی برای مصارف دارویی و پزشکی معرفی شده اند. از نیازهای اساسی توسعه کشت گیاهان دارویی ، شناسایی، ارزیابی و جمع¬آوری توده¬های بومی و نیز معرفی ژرم¬پلاسم¬های سازگار با اقلیم مناطق مختلف می¬باشد. هدف از این پژوهش، بررسی تنوع فیتوشیمیایی 5 توده ژنی منتخب اسپند ایرانی، بر اساس ارزیابی مقایسه¬ای مواد مؤثره هارمین و هارمالین می¬باشد. آنالیز الکتروفورزی پروتئین دانه و آنالیز روغن دانه، به¬ترتیب به¬منظور تعیین پروفایل پروتئینی و پروفایل اسیدهای چرب، جهت تخمین فواصل ژنتیکی توده¬های ژنی صورت گرفته است. الکتروفورز sds-page پروتئین¬های استخراجی دانه توده¬های ژنی اسپند با ژل¬های آکریل آمید 8 و 12 و 16 درصد، چند شکلی را میان توده¬های ژنی نشان نداد. استخراج روغن با استفاده از روش پرس سرد و شناسایی اسید¬های چرب با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی گازی (gc) صورت پذیرفت. 6 نوع اسیدچرب شامل پالمیتیک، پالمیتولئیک، استئاریک، اولئیک، لینولئیک، و لینولنیک¬اسید توسط کروماتوگرافی گازی شناسایی گردید. که آنالیز استاتیکی داده¬های درصد اسیدهای چرب نمونه¬ها، جز در لینولئیک اسید، تفاوت معنی¬داری را بین تیمارها نشان نداد. آلکالوئیدهای موجود در گیاه اسپند (p.harmala l.) با روش استخراج اسیدی/ بازی استخراج شدند و با روش طیف سنجی مادون قرمز (ftir) مورد شناسایی، و سپس با روش کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا (hplc) مورد ارزیابی مقایسه¬ای قرار گرفتند. برای انجام تحلیل آماری داده¬های حاصل، نمونه¬ها در 3 تکرار و به¬صورت طرح کاملاَ تصادفی ارزیابی شدند. اختلاف معنی¬دار قابل توجهی بین تیمارها از نظر غلظت آلکالوئید¬ها دیده شد. دندروگرام حاصل از آنالیز کلاستر، توده-های ژنی را بر اساس غلظت مواد مؤثره هارمین و هارمالین و سایرصفات گروه¬بندی کرد. این مطالعه می¬تواند به¬عنوان راهکاری در توسعه ژنتیکی و متابولیکی پایدار گونه¬های با ارزش گیاهان دارویی تلقی شود. داده¬های حاصل حاکی از آن است که با توجه به ارزش دارویی آلکالوئیدهای عصاره دانه، اسپند ایرانی پتانسیل بالقوه جهت تولید داروهای خوراکی دارد.با توجه به اهمیت شناخت گیاه قبل از اجرای عملیات به نژادی، داده¬های حاصل می¬توانند به¬عنوان مرجعی در انتخاب روش¬های مناسب اصلاحی، برای افزایش میزان آلکالوئید¬های ضروری در این گیاه به¬کار گرفته شوند.