یکی از روش های مفید بررسی عبور حلال ها از نانو کانال ها شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. در این پایان نامه شبیه سازی دینامیک مولکولی عبور حلال های خالص آب، متانول و اتانول از درون نانولوله ی بور نیترید در دو شرایط جداگانه بررسی شده است که این شرایط عبارتند از: ?- بدون اعمال هیچ نیرویی بر مولکول ها ?- اعمال نیرو به صورت فشار یا میدان الکتریکی در نهایت امکان جداسازی مخلوط حلال های آب/ متانول و آب/ اتانول توسط نانولوله ی بورنیتریدی مورد بررسی قرار گرفته است. تمامی شبیه سازی های انجام گرفته توسط نرم افزار namd صورت گرفته است.

امروزه سوخت های پاک از جمله بیودیزل (استرهای مونوآلکیل اسیدهای چرب بلند زنجیر) بطور وسیعی مورد توجه قرار گرفته اند. در این پایان نامه ?- لینولئات متیل استر که یکی از اولین بیودیزل های بکار رفته در صنعت می باشد، مورد مطالعه قرار گرفته است. این مطالعات شامل محاسبات نظریه تابعیت چگالی، شبیه سازی های مونت کارلو و دینامیک مولکولی می باشد. مطالعات نظریه تابعی چگالی شامل بهینه سازی ساختاری و محاسبه انرژی بهینه مولکول منفرد در خلاء بوده و شبیه سازی های مونت کارلو ودینامیک مولکولی شامل مجموعه ای از مولکول ها به منظور شبیه سازی حالت و فاز تعادلی مولکول مورد نظر، می باشد. شبیه سازی های دینامیک مولکولی به دو طریق انجام شدند، به ترتیبی که در روش اول خروجی شبیه سازی مونت کارلو به عنوان ورودی دینامیک مولکولی به کار رفت و در دمای???k و فشار ? بار شبیه سازی دینامیک مولکولی انجام شد. در روش دوم سیستم به حالت گازی در دمای???k با تکنیک آنیلینگ به دمای ???k رسانده شد و در دمای ???k دینامیک مولکولی در مجموعه npt انجام شد. نتایج شبیه سازی به طور گرافیکی و عددی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته و نتایج شبیه سازی مونت کارلو و دینامیک مولکولی باهم مقایسه شده اند و همچنین نتایج شبیه سازی های دینامیک مولکولی گفته شده نیز با هم مقایسه شده اند و مشاهده شد که بهترین نتایج را دینامیک مولکولی در اختیار ما قرار می دهد. در پایان برخی پارامترهای تعادلی ?- لینولئات متیل استر با استفاده از نتایج سه روش فوق محاسبه شد.