به منظور بررسی حضور prune dwarf virus در سطح باغات میوه هسته دار استان چهارمحال و بختیاری، طی بهار سال های 90 و 91 نمونه های مشکوک به آلودگی از درختان آلو، بادام، گیلاس، هلو، زردآلو و آلبالو جمع آوری شد. از مجموع 261 نمونه در آزمون das-elisa و با استفاده از آنتی بادی چند همسانه ای ویروس کوتولگی گوجه از شرکت بیوربای سوئیس، آلودگی186 نمونه به اثبات رسید که در بین نمونه های برگی میزان آلودگی نمونه های گیلاس، هلو و بادام به ترتیب با 100، 81 و 69 درصد نسبت به سایرین بیشتر بود. این اولین گزارش از وجود ویروس کوتولگی گوجه در سطح استان چهارمحال و بختیاری می باشد. عصاره گیری از برگ های مشکوک به آلودگی و تلقیح آن ها به گیاهان محک nicotiana tabacum var. turkish ،n. rustica ، cucurbita maximaو chenopodium album علایم سبزردی و بافت مردگی در گیاهان محک مشاهده شد. که این فرآیند انتقال مکانیکی ویروس را تأیید کرد. شناسایی تنوع ژنتیکی پروتئین پوششی ویروس کوتولگی گوجه با استفاده از روش های مولکولی مبتنی بر pcr و به کار بردن ترکیبی از آغازگرهای موجود و طراحی شده بر روی cdna های تولید شده نمونه های گیلاس، بادام، هلو، زردآلو، آلو و آلبالو انجام گرفت. پس از مراحل انتقال قطعه به پلاسمید و همسانه سازی آن در باکتری، نمونه برای توالی یابی ارسال شد. با استفاده از نرم افزار clustal w داده های توالی یابی شده با داده های به ثبت رسیده در بانک ژن آنالیز شدند که در نهایت میزان همانندی بین آن ها 54 درصد تخمین زده شد. بنابر نتایج بدست آمده از این تحقیق ویروس کوتولگی گوجه شیوع بالایی در سطح باغات میوه هسته دار استان چهارمحال و بختیاری دارد، که به موجب آن خسارت جبران ناپذیری به این صنعت وارد می آورد. همین امر استفاده از روش های کنترلی موثر را ملزم می کند. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که استفاده از روش های دستی گاهاً کارآمدتر از روش های کیت عمل می کنند. همچنین در رابطه با ویروس کوتولگی گوجه، به تنهایی اکتفا نمودن به علایم آلودگی که می تواند حاکی از وجود ویروس در بافت برگ باشد، برای شروع فرآیند روش های مولکولی می تواند نشانه خوبی باشد و در نتیجه از استفاده از آنتی سرم های گران قیمت تجاری ویروس صرفنظر خواهد شد.