در حال حاضر، مبحث نظام نوآوری کانون توجّه قرار دارد و با آغاز قرن 21 به بخش کشاورزی وارد گردید و "روش شناسی" و "سنجش عملکرد"، اولویت های پژوهشی این مبحث هستند؛ و این که، این مطالعات بر "سطح خرد و محلّی" باید تمرکز یابند. پژوهش حاضر نیز با روش ترکیبی (کیفی- کمّی) و طی سه مرحله، ضمن نقد روش مطالعات پیشین، الگوی بومی سنجش عملکرد نظام نوآوری کشاورزی صنعت مرغداری استان فارس را تدوین نمود. در مرحله اوّل با اسناد پژوهی و مصاحبه غیر ساختارمند خبرگان این صنعت، کنشگران نظام نوآوری شناسایی شدند و نقشه کنش های رسمی و غیر رسمی آنان با شیوه های "شبکه ای"، "حرفی- عددی" و "لایه ای" با نرم افزار فلش، ترسیم گردید. سپس با اسناد پژوهی و مشاهده آزاد، اجزای نظام نوآوری کشتارگاه های صنعتی طیور استان و چالش های آنها در سه دسته قوی، متوسط و ضعیف دسته بندی شدند. در مرحله دوّم ، ابتدا با فنون مصاحبه نیمه ساختارمند و عمیق با خبرگان موضوعی و اسنادپژوهی، شاخص های چهارده گانه الگوی بومی سنجش عملکرد نظام نوآوری کشاورزی تهیه شد و سپس با مطالعه دلفی دو مرحله ای پرسشنامه ای و با آزمون ضریب توافق کندال اولویت بندی گردیدند. بر اساس یافته ها، در سطح 001/0 با مجموعه شاخص ها توافق شد امّا در رتبه بندی زیرمجموعه های آنها، با پنج شاخص موافقت گردید. ضمن این که با طبقه بندی نوآوری های مورد نیاز این صنعت طبق دستورالعمل سال 2005 سنجش نوآوری اسلو نیز، یک شاخص به پنج شاخص یاد شده اضافه گردید. در نهایت الگوی بومی سنجش عملکرد با شش شاخص برای اعتبار سنجی در مرحله کمّی آماده گردید تا اعتبار آن از نظر کنشگران خرده نظام کشتارگاه های صنعتی طیور مشخص شود. با نمونه گیری خوشه ای دو مرحله ای متناسب، ابتدا تعداد 9 واحدکشتارگاهی از 17 کشتارگاه فعّال صنعتی طیور استان از شهرهای شیراز، مرودشت، لار، آباده و کازرون مشخص شدند و 210 نفر از این کنشگران، به پرسشنامه این مرحله پاسخ دادند. یافته ها نشان داد که الگوی بومی با این شش شاخص، مورد توافق کنشگران است و گویه های هر یک نیز به ترتیب اهمیت رتبه بندی شدند. پیش بینی ها گویای آن است که تغییرات گویه ها به ویژگی های گروهی و نه فردی کنشگران و یا موقعیت آنها وابسته است. در پایان برای تقویت نظام نوآوری این صنعت پیشنهادات لازم ارائه گردیده است.