پنیر کردی، در نواحی شرق ایران از شیر خام گوسفند، بز و گاو تولید شده و دوره رسیدگی را داخل مشک می گذراند؛ از اینرو دارای مجموعه ای از واریته های میکروارگانیسم بوده که بدلیل تولید اسید و آنزیم های متعدد لیپولیتیک و پروتئولیتیک نقش مهمی در نگهداری، توسعه عطر و طعم و ویژگی نهایی فراورده در طول دوره رسیدگی به عهده دارند. در این پژوهش، پروفایل تنوع زیستی میکروارگانیسم ها، تغییرات فیزیکوشیمیایی، اسیدهای آمینه، اسیدهای چرب و ویژگی‏های حسی نمونه های پنیر کردی در طول دوره رسیدگی (صفر، 20، 40 و60 روز) ارزیابی شد. باکتری های آغازگر بومی هر کشور جزو ذخایر ژنتیکی آن محسوب می شوند، لذا، شناسایی مولکولی فلور لاکتیکی پنیر کردی با استفاده از آغازگرهای عمومی و اختصاصی در واکنش زنجیره ای پلیمراز پی گیری شد؛ سپس به منظور گزینش جدایه ای با قابلیت پروبیوتیکی از بین جدایه های lactobacillus، آزمایش‏های تکمیلی شامل آبگریزی سطحی، مقاومت به تنش اسید، صفرا، محیط شبیه سازی شده دستگاه گوارش و آنتی بیوتیک، در سیستم مدل مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج پژوهش نشان داد، در اوایل دوره رسیدگی، باکتری های انتروباکتر و اسید لاکتیک، از نظر جمعیت، مهمترین گروه بودند. سرعت کاهش جمعیت coliform ها و escherichia coli در طول دوره رسیدگی بر خلاف کپک ومخمر بسیار زیاد بود. نتایج مطالعات حاکی از عدم حضور coliform، salmonella و استافیلوکوک های کواگولاز مثبت در انتهای دوره رسیدگی60 روزه در همه نمونه ها بود که به نظر می رسد ناشی از کاهش ph، فعالیت آب و افزایش جمعیت میکروفلور مفید باکتری‏های اسید لاکتیک بوده است. در مرحله شناسایی مولکولی جدایه های گزینش شده باکتری های اسید لاکتیک، گونه های غالب در پنیر تازه به ترتیب فراوانی شامل lactis lactococcus (24درصد)، lactobacillus plantarum (14درصد) و lactobacillus pentosus (10 درصد) بود. در حالیکه در پنیر رسیده، enterococcus faecium (37 درصد)، lactobacillus plantarum (35درصد)، enterococcus faecalis (14درصد)، paracasei lactobacillus (2/3 درصد) به عنوان فراوان ترین گونه‏ها شناسایی شدند. ارزیابی ویژگی های تکنولوژیکی و پروبیوتیکی جدایه lactobacillus casei در مقایسه با جدایه تجاری نشان داد که مقاومت آن به شیره گوارشی شبیه سازی شده انسان و ویژگی ها سطحی با پروبیوتیک‏های تجارتی قابل مقایسه می باشد. جنبه های ایمنی مصرف این باکتری، از نظر مقاومت به آنتی بیوتیک نشانگر این است که این باکتری واجد مقاومت طبیعی نسبت به آنتی بیوتیک ها می باشد. از این رو نتایج پژوهش به معرفی جدایه (095) lactobacillus casei به عنوان میکروارگانیسمی با قابلییت پروبیوتیکی منجر شد. نتایج پژوهش تاثیر مدت زمان رسیدگی بر پروفایل اسیدهای چرب و اسیدهای آمینه، بیانگر تأثیر معنی دار زمان رسیدگی بر این دو پارامتر بود. در انتهای دوره رسیدگی، میزان اسید اولئیک و پالمیتواولئیک در مقایسه باسایر اسیدهای چرب آزاد بیشینه بود. میزان کمی اسیدهای آمینه آزاد بویژه پرولین، اسید آلفا آمینوبوتیریک، لوسین، متیونین، گلایسین، آرژنین، ترئونین، فنیل آلانین وایزولوسین نیز در طول دوره رسیدگی، افزایش معنی دار نشان داد. براساس نتایج ارزیابی حسی، فیزیکوشیمیایی و میکروبی، و با تاکید بر ایمنی مصرف فراورده، زمان بهینه مصرف پنیر کردی تولید شده از شیر خام، پس از اتمام دوره رسیدگی 60 روز توصیه می شود