رتروترنسپوزون ها عناصر متحرک رایج در ژنوم گیاهان بوده که گستردگی، توزیع یکنواخت و قابلیت جابه جایی، استفاده از آن ها را به عنوان نشانگرهای مولکولی ایده آل می سازد. در این مطالعه نشانگرهایirap و remap، جهت مطالعه تنوع ژنتیکی درون و بین جمعیتی 88 فرد خربزه (cucumis melo l.) از 11 جمعیت مختلف (8 گیاه از هر جمعیت)، و برخی هیبریدها مورد استفاده قرار گرفت. نتایج نشان داد که خانواده های رتروترنسپوزونی مورد استفاده در ژنوم خربزه از لحاظ جابه جایی فعال می باشند. در کل با استفاده از 5 ترکیب آغازگری irap و 15 ترکیب آغازگریremap به ترتیب 94 و 262 مکان ژنتیکی تکثیر شد که تعداد مکان های چندشکل برای آغازگرهای irap و remap به ترتیب برابر 90 و 244 بود. مقایسه تعداد مکان های چندشکل، هتروزیگوسیتی موردانتظار (he)، تعداد آلل های موثر (ne) و شاخص شانن (i)، برای خانواده های رتروترنسپوزونی native و non-nativeنشان داد که تفاوت چندانی بین این دو وجود ندارد که نشان می دهد رتروترنسپوزون های non-native در ژنوم خربزه فعال هستند. آزمون مانتل بین ماتریس های فاصله irap و remap معنی دار نبود (26/0=r)، بنابراین تجزیه کلاستر جمعیت ها بر اساس نشانگرهای irap+remap، جمعیت های مورد مطالعه را در 5 گروه قرار داد. فاصله ژنتیکی بین جمعیت ها از 102/0 (خاقانی مادری و جلالی 87) تا 246/0 (زیوری شاهرود و مینو) متغیر بود و میانگین آن برابر 174/0 بود. تجزیه واریانس مولکولی، تنوع ژنتیکی زیادی را در درون جمعیت ها (67 درصد) نسبت به بین جمعیت ها (33 درصد) نشان داد. میانگین هتروزیگوتی جمعیت ها نیز از 147/0 (زیوری شاهرود) تا 233/0 (هیبریدها) متغیر بود و میانگین آن برابر 171/0 بود. تجزیه کلاستر بر اساس 334 نشانگر چندشکل irap و remap و ضریب فاصله ژنتیکی nei و الگوریتم upgma، 100 فرد خربزه را به پنج گروه اصلی تقسیم کرد که افراد مربوط به گروه های مختلف می توانند به عنوان والدین تلاقی در برنامه های اصلاحی خربزه مورد استفاده قرارگیرند.