مدل ناحیه‏ای بخش کشاورزی ایران به منظور مطالعه آثار سیاست هدفمندسازی یارانه‏ها در بخش کشاورزی ساخته شد. بدین منظور کشور ایران از لحاظ اقلیم شناسی کشاورزی به 9 ناحیه به نسبت همگن تقسیم شد. سپس بخش کشاورزی در قالب 14 گروه کالایی و 23 رشته فعالیت تولیدی با استفاده از روش برنامه ریزی ریاضی مثبت (pmp) و بکارگیری تکنیک حداکثر بی نظمی تعمیم یافته (gme) مدل سازی شد. آمار و اطلاعات بکار رفته در این تحقیق، شامل مقادیر سطح زیرکشت، تولید و مصرف محصولات زراعی، باغی و دامی و فرآوری شده به تفکیک نواحی مختلف در ایران، میزان صادرات و واردات این محصولات و همچنین نهاده‏های تولید به تفکیک نواحی و حمل و نقل محصولات کشاورزی و نهاده‏ها بین نواحی بود. این اطلاعات از سازمان‏های ذیربط و آمارنامه ها و گزارش‏های آماری منتشر شده جمع آوری شد. نتایج نشان داد، هدفمندسازی یارانه‏ها که شامل افزایش قیمت نهاده‏های تولید (آب، کود، سم و ماشین‏آلات)، افزایش قیمت حامل‏های انرژی در مرغداری‏ها و گاوداری‏ها و افزایش هزینه حمل و نقل است، سبب کاهش مازاد اجتماعی بخش کشاورزی (رفاه اجتماعی)، کاهش سطح تعداد زیادی از فعالیت‏های سالانه و دامی در نواحی مختلف، افزایش قیمت، کاهش میزان مصرف، کاهش صادرات و افزایش واردات محصولات کشاورزی می‏شود. نتایج تحقیق نشان داد، چنانچه هدفمندسازی یارانه‏ها با پرداخت های حمایتی به تولیدکنندگان همراه شود، بسته به میزان پرداخت حمایتی، مازاد اجتماعی بخش کشاورزی (رفاه اجتماعی) ممکن است کاهش یا افزایش یابد. یک پرداخت حمایتی معادل 25 درصد هزینه‏های تولید قادر است، ضرر و زیان تولیدکنندگان در اثر هدفمندسازی یارانه‏ها را جبران کند، کاهش رفاه اجتماعی را به صفر برساند و نوسانات متغیرهای اقتصادی فوق نظیر سطح فعالیت‏ها، قیمت و مقدار مصرف گروه‏های کالایی را کاهش دهد.