برای ارزیابی تحمل شوری در ارقام مختلف سویا و ارتباط آن با نشانگر های پروتئینی تحقیقی در آزمایشگاه دانشکده کشاورزی در سال 1390 انجام شد. آزمایش روی 17 رقم سویا براساس طرح فاکتوریل در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار و سه سطح تنش (شاهد، 75 و 150 میلی مولار کلرید سدیم) به صورت کشت در خاک انجام شد. نتایج نشان داد که با افزایش تنش شوری مقدار پرولین، درصد خسارت، سدیم و فلورسانس اولیه افزایش یافت، اما مقدار آنها در ارقام مختلف متفاوت بود. با توجه به نتایج بدست آمده از تجزیه خوشه ای و تجزیه تابع تشخیص ارقام hamilton و interprize برای شراط نرمال و ارقام linford،033 ، calark متحمل به شوری هستند که در هر سه شرایط در گروه هایی قرار گرفتند که میانگین صفات بیشتری نسبت به بقیه ارقام داشتند و رقم dpx برای مناطق تحت تنش توصیه می گردد. از نظر شاخص های مقاومت به شوری از جمله شاخص ti ریشه، رقمcalark از لحاظ صفات مرتبط با ریشه رقم مقام به شمار می آید. از نظر sti و mp رقم 33 متحمل و ارقام safyabad حساس به تنش بودند. همچنین، نشانگر های پروتئینی می توانند به عنوان ابزاری تکمیلی برای تایید فرضیه وجود تنوع ژنتیکی در میان ارقام سویا مورد استفاده قرار گیرد. نتایج حاصل از تجزیه پروتئین های محلول در آب و نمک پروتئین-هایی با وزن مولکولی پایین و پروتئین هایی با وزن مولکولی بالا نشان داد، میانگین تنوع ژنتیکی برای تمام مکان های ژنتیکی به ترتیب برابر 48/0، 48/0، 42/0 بود. و مقدار شاخص شانون به ترتیب برابر40/0، 41/0، 60/0بود. بر اساس تجزیه رگرسیون که در آن داده های نشانگر های پروتئینی به عنوان متغیر مستقل و صفات مورفوفیزیولوژیک به عنوان متغیر وابسته در نظر گرفته شد ند، در مجموع 7 نشانگر مثبت برای صفات مورفوفیزیولوژیک در سطح شاهد، 6 نشانگر در سطح تنش اول (تنش شوری 75 میلی مولار) و 4 نشانگر در سطح تنش دوم (150 میلی مولار) شناسایی شدند. برای پروتئین هایی با وزن مولکولی پایین در مجموع 3 نشانگر مثبت برای صفات مورفوفیزیولوژیک در سطح شاهد، 5 نشانگر در سطح تنش اول و 12 نشانگر در سطح تنش دوم شناسایی شدند. بر ای پروتئین های با وزن مولکولی بالا، در مجموع 9 نشانگر مثبت برای صفات مورفوفیزیولوژیک در سطح شاهد، 13 نشانگر در سطح تنش اول و 16 نشانگر در سطح تنش دوم شناسایی شدند.