اطلاعات زیادی از تجزیه مولکولی کلکسیون سویا (glycine max l.) در داخل کشور در دسترس نیست. هدف از اجرای این تحقیق بررسی تجزیه تنوع ژنتیکی و تعیین روابط بین ارقام سویا و همچنین بررسی تحمل سرما و تغییرپذیری ژنتیکی آنها بود. در این راستا 16 رقم سویا در دو شرایط تنش و بدون تنش سرما بصورت آزمایش اسپلیت پلات در قالب طرح کاملاً تصادفی در گلخانه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه محقق اردبیلی مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که بین ارقام سویا اختلاف معنی دار از نظر صفات مورفوفیزیولوژیک مورد مطالعه وجود داشت و تجزیه خوشه ای این ارقام را به سه گروه دسته بندی کرد. jk به عنوان متحمل ترین رقم نسبت به سرما و interprize به عنوان حساس ترین لاین معرفی شد. انگشت نگاری dnaی ارقام یادشده از طریق سیستم نشانگر تکرار توالی بین ریزماهواره ای ساده (issr) مورد بررسی واقع شدند. از مجموع نوارهای تشکیل شده، در 77 نوار چند شکلی مشاهد گردید (91/81 %) که از 12 آغازگر غربال شده حاصل شده بودند. به طور متوسط 7 نوار به ازای هر آغازگر بدست آمد. بر اساس آغازگرهای به کار رفته چند شکلی بین ارقام مورد مطالعه بین 67 تا100 درصد متغیر بود. میانگین pic و mi برای آغازگرهای به کار رفته به ترتیب برابر با 362/0 و 620/2 بود. تجزیه خوشه ای بر اساس داده های مولکولی ژنوتیپ های مورد بررسی را در سه گروه طبقه بندی کرد و تجزیه به مولفه های هماهنگ اصلی، ضمن تأیید نتایج تجزیه خوشه ای، توسط سه مولفه هماهنگ اصلی اول حدود 72/80 درصد تغییرات مولکولی بین ژنوتیپ ها را تبیین کرد. رابطه بین نشانگرهای issr و پنج صفت فیزیولوژیک از طریق رگرسیون چندگانه بررسی شد. مقادیر ضرایب تبیین تصحیح شده برای تمامی صفات بالا بود و درصد بالایی از تغییرات توسط نشانگرهای مثبت شناسایی شد. گزارش این تحقیق اولین مورد در خصوص کاربرد تکنیک issr در تجزیه ژنتیکی ارقام سویا در داخل کشور است و نشان می دهد که کارآیی این نشانگرها در تشخیص بهره برداری های متعاقب تنوع ژنتیکی جالب توجه می باشد.