با توجه به مسئله بحران کمبود آب یکی از راهکار های موثر و قابل برنامه ریزی در بحث مدیریت منابع آب، استفاده تلفیقی بهینه از منابع آب های سطحی و زیرزمینی می باشد. به طوری که در بسیاری از حالات و شرایط بتوان نیازهای موجود شامل نیازهای کشاورزی، صنعت، شرب و محیط زیست را در ماه های مختلف سال با در نظر گرفتن حجم تجدید پذیر آبخوان و میزان افت سطح ایستابی آب برآورده نمود. به همین منظور استفاده از روش های شبیه سازی و بررسی سناریوهای ممکن یک روش مفید و قدرتمند در تعیین استراتژی های مدیریتی و طراحی برای توسعه ی بهره برداری تلفیقی از منابع آب های سطحی و زیرزمینی است. در این تحقیق بهره برداری تلفیقی منابع آب حوضه زاینده رود و به طور ویژه زیر حوضه نجف آباد از دیدگاه کمی مورد توجه قرار گرفته است. پس از بررسی دقیق حوضه مورد مطالعه از نظر منابع آب سطحی و زیرزمینی، نیازهای آبی و سایر پارامترهای موثر جهت تهیه مدل و همچنین تعیین مرزهای محدوده مورد مطالعه از مدل شبیه سازی groundwater vistas 4.0 برای هفت سال آبی با دوره تنش و گام های زمانی ماهانه جهت شبیه سازی بخش زیرزمینی آبخوان و ارزیابی اثرات سیاست های تلفیقی آب های سطحی و زیرزمینی استفاده شده است. با توجه به توسعه مدل weap به عنوان ابزاری برای برنامه ریزی انعطاف پذیر، جامع و شفاف به منظور ارزیابی پایداری حال حاضر آبی و الگوهای تأمین آب و ارزیابی شرایط مختلف بلند مدت از این مدل به منظور شبیه سازی منابع آب سطحی منطقه و تولید و توسعه سناریوهای مختلف بهره برداری از آب های سطحی استفاده شده است. جهت تحقق اهداف مورد نظر در این تحقیق، پس از ایجاد تغییراتی در مدل شبیه سازی آب زیرزمینی منطقه و کالیبره نمودن مدل، با استفاده از بسته های خروجی مدل آب زیرزمینی امکان ایجاد یک ارتباط پویا میان مدل های gwv و weap فراهم شده و در نهایت با ایجاد مدل weap-modflow و پیاده سازی جزئیات مدل، پس از اجرای مدل این امکان فراهم می شود که با اتصال سلول های معینی از بین سلول های فعال مدل modflow به عناصر weap مدیریت آبخوان با تقسیم منطقه به زیر بخش های مختلف انجام پذیر باشد. با توجه به نتایج مدل weap-modflow در هر گام زمانی می توان اثرات تخصیص آب سطحی و زیرزمینی به گره های مختلف نیاز و آب برگشتی از این گره ها را بر روی سطح ایستابی آبخوان در تک تک سلول ها مشاهده نمود و با در نظر گرفتن سناریوها یا گزینه های مدیریتی مختلف اثرات سیاست های مدیریتی مختلف را در درصد تأمین نیاز های شرب، صنعت، کشاورزی و زیست محیطی منطقه و سطح ایستابی در آبخوان مورد بررسی قرار داد. در نهایت با استفاده از روش تحلیل سلسله مراتبی، ahp و توسط نرم افزار expert choice بهترین گزینه مدیریتی انتخاب می گردد. نتایج مدل تدوین شده نشان می دهد که در نظر گرفتن شرایطی از جمله کاهش نیازها از طریق اصلاح الگوی مصرف، برداشت مجاز از آبخوان ها، طرح انتقال آب به حوضه و تغییر اولویت های تخصیص امکان بهره مندی بلند مدت از آبخوان های محدوده به عنوان منبع مطمئن و مکمل آب سطحی و نیز بهبود وضعیت آبخوان ها و استفاده بهینه از منابع آب سطحی و تأمین هر چه بیشتر نیازهای آبی منطقه را در پی خواهد داشت.