چکیده ویروس موزائیک یونجه (amv) alfalfa mosaic virusاز جنس alfamovirus و خانواده bromoviridae دارای گسترش جهانی می باشد. این ویروس به طور طبیعی دامنه وسیعی از گیاهان زراعی و علفی را آلوده می کند و قابل انتقال به بیش از 430 گونه از 51 خانواده گیاهی است. ویروس موزائیک یونجه با آلوده کردن محصولاتی چون سیب زمینی، لوبیا، فلفل، شبدر، نخود، سویا، ریحان و دیگر گیاهان زراعی را خسارات شدیدی به آن ها وارد می کند. این ویروس با شته، دانه گرده، بذر، سس و بطور مکانیکی منتقل می شود. با توجه به اهمیت ویروس موزائیک یونجه و نبود اطلاعات در زمینه پراکنش و خصوصیات مولکولی جدایه های این ویروس، انجام تحقیق در این زمینه ضروری به نظر می رسد. به منظور ردیابی و تعیین تنوع مولکولی جدایه های ویروس موزائیک یونجه در سال های 1390 و 1391 از برگ بوته های یونجه، سیب زمینی، لوبیا، سویا، فلفل، شبدر، گوجه فرنگی و ریحان از مزارع استان های اصفهان و چهارمحال و بختیاری نمونه برداری انجام شد. آر.ان.ای کل از نمونه های برگی استخراج و به عنوان الگو در واکنش rt-pcr استفاده شد. نتایج حاصل از آزمون rt-pcrبا استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصیalmv-3pr/almv-5pr و amv-f2/amv-r2 به ترتیب با تکثیر قطعات مورد انتظار با اندازه های bp901 و bp669 تایید شد.قطعات تکثیر شده در آزمون rt-pcr همسانه سازی و تعیین توالی شدند. نمونه های توالی یابی شده شامل جدایه یونجه داران، یونجه کارخانه قند، سیب زمینی داران، سیب زمینی شهرکرد، لوبیای شهرکرد، فلفل دلمه ای داران، فلفل دلمه ای درچه، فلفل سبز خمینی شهر، شبدر درچه، علف هرز سلمه تره دستگرد، علف هرز ترشک دستگرد، گوجه فرنگی کلیشاد و لوبیا چشم بلبلی فریدن بودند. مقایسه توالی نوکلئوتیدی جدایه های ایرانی amvموجود در بانک ژن به کمک ابزار جستجوی blast، تشابه بالای آن ها را با ویروس amvگزارش شده از سایر نقاط جهان نشان داد. مقایسه توالی آمینواسیدی ژن پروتیین پوششی جدایه های amv ایرانی نشان داد که میزان تشابه بین جدایه ها از 7/97% تا 100% متغییر می باشد. در میان این جدایه ها نه جدایه شباهت 100درصدی را در سطح آمینواسیدی نشان داده و جدایه لوبیای شهرکرد کمترین میزان شباهت را با سایر جدایه ها داشت. جدایه های ایرانی بیشترین شباهت را با جدایه سویا از آمریکا با شماره دسترسی hq185569و یونجه از چین با شماره دسترسی hq316647 (6/98% تا 5/99%) و کمترین شباهت را با جدایه سیب زمینی از کره با شماره دسترسی ab126032 و یونجه از نیوزیلند با شماره دسترسی u12510 (9/95% تا 2/97%) نشان دادند. نتایج حاصل از درخت تبارزایی بر اساس مقایسه توالی آمینواسیدی ژن پروتیین پوششی نشان دهنده قرارگرفتن جدایه های ایرانی در یک شاخه می باشد که حاکی از عدم تفکیک آن ها بر اساس منطقه جغرافیایی و میزبان بود.به منظور مقایسه واکنش جدایه های مختلف ویروس موزاییک یونجه مایه زنی مکانیکی دو جدایه یونجه و سیب زمینی از ویروس به گیاهان solanum tuberosum، gomphrena globosa، nicotiana rustica، nicotiana glutinosa، chenopodium album،vigna unguiculata وphasaeolous vulgarisانجام شد.طی این آزمایش مشاهده شد که این دو جدایه مختلف بر روی گیاهان آزمون، علایم تقریبا مشابهی را ایجاد می نمایند.آلودگی گیاهان تلقیح شده توسط آزمون rt-pcr مورد تایید قرار گرفت. کلمات کلیدی: ویروس موزائیک یونجه، rt-pcr، ژن پروتیین پوششی، همردیف سازی، درخت تبارزایی