ریحان (ocimumbasilicuml.) ،گیاهی دارویی و خوراکی از خانواده lammiaceae است. در این تحقیق 12 اکوتیپ ریحان که از سرتاسر ایران جمع آوری شده به منظور بررسی تنوع ژنتیکی، توسط صفات مرفولوژیکی و نشانگرهای مولکولی rapd، آزمایشی در قالب طرح بلوک کامل تصادفی در 3 تکرار در مزرعه آزمایشی باغبانی دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید چمران اهواز اجرا گردید. صفات مرفولوژیکی شامل:وزن تر اندام هوایی، وزن خشک اندام هوایی، وزن تر برگ، وزن خشک برگ، شاخص سطح برگ، وزن تر ساقه، وزن خشک ساقه، ارتفاع بوته، قطر ساقه، تعداد برگ، وزن تر ساقه فرعی، وزن خشک ساقه فرعی، تعداد شاخه فرعی و صفت فنولوژیکی شامل تعداد روز تا پایان گلدهی و صفات فیتوشیمیایی شامل ترکیبات فنلی و ترکیبات آنتی اکسیدانی مورد مطالعه قرار گرفته شدند. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که کلیه صفات در سطح (01/0??) معنی دار شدند. در بررسی تنوع ژنتیکی این توده ها با استفاده از نشانگر مولکولی rapd، 24 آغازگر10 نوکلئوتیدی در مجموع 108 باند تولید کردند و از بین آنها 79 باند چند شکلی نشان دادند درصد چندشکلی برای کل آغازگرها برابر73 درصد بود و مقدار چند شکلی برای هر آغازگر متوسط 86/4 نوار چند شکل بود. تجزیه کلاستر به روش upgmaاکوتیپ ها را در 6 گروه اصلی قرار داد. نتایج این بررسی تاییدی بر وجود تنوع ژنتیکی بین اکوتیپ های بومی ریحان و توانایی نشانگر rapd به عنوان یک روش مولکولی مناسب برای تعیین تنوع ژنتیکی و تعیین رابطه ژنتیکی اکوتیپ های ریحان می باشد.