به دلیل کاربردهای وسیع پروتئین اینترفرون گاما در پزشکی، تلاش های زیادی در جهت تولید انبوه آن صورت گرفته است. به نظر می رسد که دستورزی ژنتیکی گیاهان برای تولید این گروه از پروتئین ها، روشی مناسب باشد. تولید پروتئین-های نوترکیب در گیاهان (molecular farming) به دلایل متعددی از جمله پائین بودن هزینه تولید مورد توجه قرار گرفته است. در مهندسی ژنتیک گیاهی، پس از تولید گیاهان تراریخته، خصوصیات مولکولی آنها بررسی می شود. از میان آنالیزهای مولکولی، تعیین تعداد نسخه های ژن وارد شده به ژنوم بسیار ضروری است، زیرا این خصوصیت بر روی سطح بیان ژن وارد شده و پایداری بیان این ژن تاثیر می گذارد. در گذشته تکنیک سادرن بلات روش مرسوم برای تعیین تعداد نسخه ی ژن وارد شده در گیاهان تراریخت بوده و اخیراً نیز روش هایی از جمله هیبریداسیون مقایسه ای ژنومی برای این منظور استفاده شده است. اما تمام این روش ها بسیار سخت و وقت گیر هستند و به dna با کیفیت و کمیت بالا نیاز دارند، همچنین برخی از این تکنیک ها، جزء تکنیک های پرخطر محسوب می شوند. از real-time pcr می توان به منظور تعیین تعداد نسخه های ژن انتقالی در گیاهان تراریخته استفاده کرد. در این تحقیق تعداد نسخه های ژن های ifn? و nptii در نسل دوم(t1) توتون تراریخته توسط تکنیک real-time pcr و با استفاده از رنگ فلورسانس sybr green i مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج به دست آمده از این تکنیک با استفاده از روش کمیت سنجی مطلق و با به کارگیری نمودار استاندارد تجزیه و تحلیل شد. تعداد نسخه های برآورد شده از ژن ifn? در گیاهان مورد بررسی از یک تا پنج نسخه متغیر بود. برای ژن nptii نیز تعداد نسخه ها در این گیاهان بین یک تا چهار نسخه به دست آمد. امید می رود گیاهانی هموزیگوت که یک نسخه از ژن ifn? را در هر ژنوم هاپلوئید خود دارند، بیان بالا و پایداری از این ژن را در طی نسل های آینده نشان دهند. همچنین با مقایسه نتایج به دست آمده برای گیاهان و ژن های مختلف مورد بررسی، به نظر می رسد که در برخی موارد تعداد نسخه های وارد شده از دو ترانسژن یکسان، اما در برخی دیگر متفاوت است. این تفاوت با توجه به بازآرایی هایی که در فرآیند ادغام t-dna رخ می دهد، توجیه پذیر است. پس به منظور تعیین تعداد نسخه ی ژن های انتقال یافته، از یک روش سریع و قابل اعتماد استفاده شد. انعطاف پذیری این روش مناسب شرایطی است که در آن بهینه سازی دقیق تمام اجزای واکنش سخت می باشد.