اهمیت تنوع ژنتیکی در گندم زراعی و اهداف اصلاحگران دلایلی هستند که ضرورت ارزیابی تنوع ژنتیکی گونه های وحشی و خویشاوند گندم به منظور اصلاح ارقام زراعی مقاوم به تنش ها و دارای عملکرد بالا را توجیه می کند. این پژوهش به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی 6 گونه آژیلوپس با استفاده از نشانگرهای issr انجام گرفت. همچنین، از دو روش پروتئینی sds-page و acid-page نیز برای تجزیه میزان تنوع استفاده شد. در روش sds-page، میزان تنوع کل برای 12 اکوتیپ مورد بررسی 96/86 و در روش acid-page، 17/89 برآورد شد. از 34 آغازگر در روش issr استفاده شد که تعداد 11 آغازگر، نوارهای مشخصی تولید کرده و مورد استفاده قرار گرفتند. در نهایت 179 نوار چندشکل توسط این نشانگرها تولید شد. تنوع ژنتیکی درون اکوتیپ ها بر اساس شاخص نی از 01/0 تا 07/0 برآورد گردید. بیشترین میانگین سطح این تنوع در اکوتیپ های مربوط به گونه های ae. triuncialis وae. biuncialis و کمترین میانگین سطح این تنوع در اکوتیپ های مربوط به گونه ae. umbellulata بود. این نتایج نشان دهنده تنوع پایین در درون جمعیت های مختلف aegilops بود. همچنین از کل مکان های ژنی 179 مکان چندشکل بودند. میانگین تنوع ژنتیکی درون (hs) و کل (ht) به ترتیب 04/0 و 31/0، میانگین درجه تمایز ژنی بین اکوتیپ ها در تمام مکان ها 84/0 و تنوع بین در نمونه های مورد مطالعه 27/0 برآورد شد که نشان دهنده میزان تنوع بالا بین گونه های مورد مطالعه است. برای گروه بندی اکوتیپ ها از روش دورترین همسایگی با استفاده از ماتریس ضرایب تشابه نی استفاده گردید و اکوتیپ های مربوط به این شش گونه در سه گروه قرار گرفتند. به منظور تعیین روابط ژنتیکی بین اکوتیپ ها و نیز گروه بندی آن ها تجزیه به مولفه های هماهنگ اصلی نیز به عنوان روشی مکمل برای تجزیه خوشه-ای انجام گرفت. دو مولفه اصلی اول مجموعا 15/71 درصد از تغییرات داده ها را توجیه کردند. با توجه به نتایج به دست آمده می توان اظهار داشت که تنوع بین گونه ها بالا و قابل توجه بود و از اکوتیپ های دور از هم البته در گونه های متفاوت می توان برای تلاقی بین گونه ای استفاده کرد.