کشت بافت و سلول یکی از مهمترین تکنیک ها در اصلاح ژنتیکی و ریزازدیادی سلول ها و بافت های یونجه محسوب می شود. کشت بافت سبب ایجاد تنوع ژنتیکی و اپی ژنتیکی می گردد که اصطلاحاً تنوع سوماکلونال گفته می شود. اگر چه این تنوع می تواند در برنامه های اصلاحی مفید باشد، ولی در استفاده از این تکنیک در ریزازدیادی و دستکاری های ژنتیکی حفظ یکدستی ژنتیکی نسبت به گیاه مادری مهم است. تکنیک های متعددی به طور موفقیت آمیز برای تعیین پایداری ژنتیکی گیاهان باززا شده به کار رفته است که از بین آن ها می توان به issr و rapd اشاره کرد. در این تحقیق پایداری ژنتیکی گیاهان باززا شده از طریق جنین زایی سوماتیکی سه ژنوتیپ یونجه 18-6، 14-4 و y-6 با استفاده از 13 آغازگر issrو 7 آغازگر rapd مورد مطالعه قرار گرفت. همه ژنوتیپ های مورد مطالعه از توانایی کالوس زایی بالایی برخوردار بودند. از لحاظ وزن تر کالوس(عملکرد کالوس) و جنین زایی سوماتیکی بین ژنوتیپ ها و ریزنمونه ها اختلاف معنی داری مشاهده شد. علاوه بر این، اثر متقابل بین ژنوتیپ و ریزنمونه نیز معنی دار بود. بیشترین درصد جنین زایی سوماتیکی در ریزنمونه برگ ژنوتیپ 14-4 مشاهده شد. در حالی که ژنوتیپ 27-3 با ریزنمونه برگ کمترین درصد جنین زایی سوماتیکی را داشت. درصد کالوس زایی بالا (میانگین 98%) و عدم وجود اختلاف معنی دار بین ژنوتیپ ها از نظر این صفت شاید به دلیل گزینش قبلی این ژنوتیپ برای کالوس زایی بالا باشد. نتایج حاصل از تجزیه مولکولی با نشانگرها نشان داد که در ژنوتیپ 14-4 میزان شباهت ژنتیکی بر اساس نشانگر های issr بین گیاه مادری با گیاهان باززا شده از برگ 15/91% و با گیاهان باززا شده از دمبرگ 85/90% بود. بر اساس نشانگر های rapd مقدار تشابه ژنتیکی بین گیاه مادری با گیاهان باززا شده از برگ و دمبرگ به ترتیب 16/87% و 59/93% بدست آمد. میزان شباهت ژنتیکی در ژنوتیپ y-6 در نشانگر های issr بین گیاه مادری با جمعیت حاصل از برگ و جمعیت حاصل از دمبرگ به ترتیب 52/82% و 89/77%. و بر اساس نشانگر های rapd بین گیاه مادری با گیاهان باززا شده از برگ و دمبرگ به ترتیب 93/89% و 32/78% بود. میزان تشابه ژنتیکی بین گیاه مادری و گیاهان باززا شده از برگ ژنوتیپ 18-6 بر اساس نشانگر های issr و rapd به ترتیب 26/87% و 73/86% مشاهده شد. پایداری ژنتیکی در کل گیاهان باززا شده از سه ژنوتیپ 18-6، 14-4 و y-6 با استفاده از هر دو نشانگر issr و rapd بین 89/77% تا 59/93% متغیر بود.