مناطق حفاظتی جنبه کلیدی حفاظت زیستی می باشند. در گذشته مناطق حفاظتی به صورت فرصت طلبانه انتخاب می شدند که گاهی اوقات منجر به سیستم ذخیره گاهی ناکارامد می شود. برنامه ریزی سیستماتیک حفاظت با رعایت اصول علمی مناطقی را برای مناطق حفاظتی برای دستیابی به اهداف حفاظتی مشخصی اختصاص می دهد. برای انتخاب مناطق مناسب برای حفاظت در استان گلستان در شمال شرقی ایران، ما از دو رویکرد استفاده کردیم الف) ارزیابی کارایی مناطق حفاظتی موجود با استفاده از داده های پراکنش 129 گونه پرنده و ب) شناسایی مناطق بالقوه برای گسترش شبکه مناطق حفاظتی موجود. روش ارزیابی چندمعیاره به منظور تولید لکه های حفاظتی با استفاده از رویکرد اول استفاده شد. معیارهای مختلفی شامل شش شاخص برای ارزش های بوم شناختی و دوازده شاخص برای تهدیدات تنوع زیستی در تحلیل لحاظ شدند و نتایج به شکل نقشه ارائه و تحلیل شدند. با استفاده از رویکرد اول، 15 لکه حفاظتی شناسایی شد که در قسمت جنوبی استان واقع شده اند. مدل سازی آشیان بوم شناختی و اولویت بندی سیستماتیک مناطق برای انجام رویکرد دوم با استفاده از داده های پراکنش برای 129 گونه از پرندگان شمال شرقی ایران ترکیب شد. مدل سازی بوم شناختی انتروپی بیشینه برای پیش بینی حضور جغرافیایی بالقوه گونه ها استفاده شد و داده های پراکنش دوتایی حاصله برای اولویت بندی مناطق با الگوریتمی استفاده شد که با حداقل مساحت، معرف بودن تمام گونه ها را حداکثر می کند. نرم افزار مارکسن برای اجرای الگوریتم بازپخت شبیه سازی شده برای انتخاب مناطق حفاظتی استفاده شد. دو سناریو در نظر گرفته شد: 1- انتخاب مناطق حفاظتی بدون لحاظ کردن شبکه مناطق حفاظتی موجود در استان گلستان جهت حفاظت 5، 10، 15 و 20 درصد از پراکنش جغرافیایی گونه ها در استان گلستان و 2- تکمیل مناطق حفاظتی موجود برای حفاظت درصدهای گوناگونی از پراکنش گونه ها. میزان همپوشانی میان مناطق حفاظتی موجود و پیشنهادی برای اهداف حفاظتی 5، 10، 15 و 20 درصد از پراکنش گونه ها به ترتیب 81/14، 08/21، 21/31 و 20/43 درصد است که نشانگر این است که شبکه موجود برای معرفی تنوع پرندگان کافی نیست. راه حل دیگر بر اساس گسترش شبکه مناطق حفاظتی موجود نشان داد جهت دستیابی به اهداف حفاظتی 5، 10، 15 و20 درصد، گسترش شبکه مناطق حفاظتی به ترتیب به میزان 5/5، 6/16، 1/40 و 7/72 درصد نیاز است.