رنه دکارت به عنوان بنیان گذار فلسفه جدید درآغاز با دو مسأله اساسی مواجه بود: معرفت یقینی و نسبت جسم و نفس. وی نخستین فردی بود که در فلسفه جدید نبوغ بسیار بالایی از خود نشان داد و نظریاتش در طبیعیات، فیزیک و نجوم جدید تاثیر بسزایی داشت. اگرچه دکارت وارث فلسفه مدرسی بود و بسیاری از میراث آنان را پاس می داشت اما اصول گذشتگان را یکسره نپذیرفت و کوشید فلسفه ای با بنیان جدید بنا کند. در وهله اول وی بر این باور بود که اولاً گوهر علوم طبیعی کشف نسبت هایی است که می‏توانند به صورت ریاضی بیان شوند؛ همه علوم طبیعی باید این قابلیت را بیابند که در ریاضیات فروکاسته شوند تا یکی شوند و عالم، از آن حیث که می توان‏ آن را به صورت لمی تبیین کرد، بایستی آن چنان سرشتی داشته باشد که سیر و سلوک ریاضیاتی را پذیرا شود. ثانیاً تصور وی این بود که ریاضیات به طور کلی سرمشق معرفت یقینی و روش دستیابی به آن است، از این رو در صدد برآمد کشف کند این یقین عبارت از چه چیزی است و مقرر کرد همه معتقدات با محک چنین قطعیتی یعنی با روش هایی که به اندازه روش های ریاضیات واضح و متمایز است، بایستی آزموده شوند. در واقع از نظر وی عقایدی را می‏توان پذیرفت که صدقشان به صورت واضح و متمایز بر انسان پدیدار شده باشد. به عبارت دیگر بداهت ملاک حقیقت است. هر تصوری هم که بعد از تعقل، وضوح و تمایز آن آشکار باشد، به عنوان تصور درست و راستین قابل قبول است. منظور دکارت از وضوح و تمایز، آن نوع بداهت ذاتی است که مشخصه ساده ترین قضایای ریاضی و منطق است. قضایایی که هر کسی می‏تواند صدق آنها را با فروغ فطری عقل دریابد. چنین قضایایی از نظر دکارت دارای خصلت تردید ناپذیری‏اند، به این معنا که نه فقط تردید در مورد آنها بسیار دشوار است، بلکه ذاتاً نمی‏توانند مورد تردید واقع شوند و در همین تلاش برای رسیدن به قضایای تردیدناپذیر است که دکارت درصدد برمی‏آید به معرفت یقینی دست یابد که واجد خصیصه تردیدناپذیری به صورت کامل باشد. در این راه وی مصمم شد در هر آنچه که تردید روا باشد، تردید کند تا ببیند آیا چیزی باقی می‏ماند که از این روند مصون بماند. به عبارتی «دکارت فلسفه خود را با انعکاس شک و تردید آغاز نمود که به نظر می رسید در اغتشاشات فکری سده هفدهم رایج بوده اما با فلسفه ای تمام کرد که تا سده بیستم بر تفکر غرب سیادت نمود.» دکارت دریافت در بسیاری چیزها که عموماً بسیار یقینی انگاشته می‏شوند، می‏توان تردید کرد: مثلاً در وجود اشیاء مادی پیرامون خود و درخصوص ادراکاتی که به استناد عقل متعارف دریافته می شوند. «من گاهی تجربه کرده ام که این حواس فریبنده است و عاقلانه تر این است که به چیزی که یک بار ما را فریب داده است کاملاً اعتماد نکنیم.» زیرا هر چند در آن لحظه خاصی که اشیاء مادی مختلف را می‏بیند و احساس می‏کند، از وجود آنها بسیار مطمئن می‏باشد، ولی در مرحله دوم مواقعی دیگر که به خواب می‏رود و خواب می‏بیند و همه چیزهایی را که فرضاً در پیرامون وی می‏باشند، به صورت رویاها در خواب می‏بیند یعنی همین احساس یقین را در مورد وجود آنها نیز دارد، پس چگونه می‏توان یقین حاصل کرد که اشیایی که در این لحظه بیداری در پیرامون وی هستند، رویایی بیش نباشند؟ وی حتی توانست شک کند خودش بدنی دارد که یکی از اشیاء مادی است و لذا می‏شود از شک مصون باشد؟ سپس دست کم به این نتیجه رسید که یک امر یقینی وجود دارد که در آن نمی توان شک کرد و آن این که، شک می‏کند؛ زیرا در همان زمان که در حال شک کردن است می بایست وجود داشته باشد تا شک کند. بنابراین از این جا نتیجه گرفت نمی توان در اینکه که فکر می کند و به عبارت دیگر شک می کند، شک کند؛ زیرا شک کردن خود یک قسم فکر کردن است. لذا دریافت دست کم یک قضیه تردیدناپذیر وجود دارد: «من فکر می‏کنم». اما از این قضیه، قضیه دیگری نتیجه گرفت، «پس هستم»که در اصل بنیادی دکارت (cogito ergo sum) انعکاس یافت؛ زیرا این که هیچ کس نمی‏تواند بدون آنکه موجود باشد فکر کند، از نظر وی قضیه ای تردیدناپذیر است و بداهت ذاتی دارد که حتی شیطان فریبکار دکارت هم نمی تواند در آن تردید افکند. زیرا هرچند دامنه اطلاق شک را وسعت بخشم، نمی توانم آن را در مورد وجود خویش اطلاق کنم. زیرا در نفس عمل شک کردن وجود من آشکار می-شود. شک من که اندیشه من است به وجود این منی که می اندیشد پیوسته است. ممکن نیست که من ادراک کنم که می اندیشم، بی آنکه به یقین ادراک کنم که هستم. اگر در این پیوستگی شک کنم، خود این شک باز هم تایید تصدیق مرا در پی خواهد داشت. شرط اساسی شک من متیقن بودن وجود من به عنوان اندیشه است. در اینجا ما با حقیقت مشخص و ممتازی مواجهیم که هم از تاثیر تباه کننده و فرساینده شک فطری که محتملاً درباره احکام خود در مورد امور مادی احساس می کنیم و هم از شک اغراق آمیزی که با فرضیه موهوم دیوپلید ممکن می گردد در امان است. اگر من دچار فریب می شوم، باید وجود داشته باشم تا دچار فریب شوم، اگر من خواب می بینم، باید وجود داشته باشم تا خواب ببینم. در اینجا باید این نکته را در نظر داشت که از نظر دکارت شک کردن صورتی از فکر کردن است. وی این اصل را زیربنای فلسفه خود قرار داد و نخستین گام برای رهایی از شک را انجام داد؛ زیرا درباره هر چیز دیگری می توان شک کرد ولی درباره این امر هرگز نمی توان شک کرد. اما در خصوص این بنیاد یک چیز باید مورد توجه باشد: عبارت «من شک می کنم، پس هستم» قیاسی نیست که در آن کبری قضیه حذف شده باشد زیرا «اگر قیاس بود مقدمات آن می بایست واضح تر و معلوم تر از نتیجه «پس هستم» باشد و «پس هستم» دیگر نخستین بنیاد هر علمی نمی بود. بعلاوه این نتیجه یقینی هم نمی شد؛ زیرا درستی آن وابسته به مقدمات کلی است که مولف قبلاً درباره آنها شک کرده است. بنابراین «می اندیشم پس هستم» قضیه واحدی است که برابر است با «من شی متفکرم.» به این ترتیب دکارت توانست به وجود خویش از طریق «فکر می‏کنم، پس هستم» یقین حاصل کند. به عبارت دیگر کسی که می گوید «می اندیشم پس هستم یا وجود دارم، وجود را با قیاس منطقی از فکر استنتاج نمی کند بلکه با یک عمل بسیط شهود عقلی آن را مورد ادراک قرار می دهد، گویی امری است که فی نفسه و بالذات بر وی معلوم است. اینکه هر آنکه فکر می کند هست و یا وجود دارد از قبل بر فرد معلوم است اما از طریق تجربه فردی اکتساب شده است که اگر موجود نباشد قادر به فکر کردن نیست. ممکن است دکارت اندیشه خود را یا با وضوح تمام یا با استحکام منطقی تمام بیان نکرده باشد اما موقف کلی او این است که من در مورد خاص خود، ارتباط ضروری میان فکر خود و وجود خود را یه علم شهودی ادراک می کنم یعنی شهود می کنم و این شهود را در قضیه «می-اندیشم پس هستم» اظهار می کنم. ازحیث منطقی این قضیه مستلزم فرض قبلی یک مقدمه کلی است ولی این امر بدان معنا نیست که من نخست درباره یک مقدمه کلی می اندیشم و آنگاه نتیجه خاصی از آن استخراج می کنم. به عکس علم صریح من به مقدمه کلی به تبع شهود من از ارتباط عینی و ضروری میان فکر من و وجود من حاصل می شود و یا شاید بتوان گفت که این علم مقارن با شهود است به این معنا که این علم به سبب آنکه نهفته در شهود است و یا بالذات در شهود تضمن دارد، کشف می شود. البته دکارت در ذیل واژه افکار طیف بسیار وسیعی از آن چه را که می‏توان تجربه‏های شخصیِ معلومِ بی واسطه ضمیر و تردیدناپذیر دانست، در نظر داشت. مثلاً دکارت هر چند می‏تواند در وجود اشیاء مادی پیرامون خود و اینکه بدنی دارد، شک کند اما معتقد است دست کم در این که واجد این تجربه است که گویی چنان اشیایی وجود دارند، نمی‏تواند شک کند. به عبارتی وی دریافت می‏تواند در این که بدنی دارد شک کند، ولی نمی‏تواند شک کند هنگامی که فکر می‏کند، وجود نداشته باشد. از این رو نتیجه گرفت آن «من»ی که اثبات نموده است، وجود دارد و چیزی است که ذاتش فکر کردن است. به این ترتیب توانست وجود خویش را به منزله یک «موجود متفکر» یا آن چنان که خودش با تأیید تردیدآمیزی اظهار می‏دارد، به منزله جوهری که خصیصه ذاتی آن فکر کردن است، به اثبات رساند. در این مقطع دکارت طبعاً به مضمون افکار خویش التفات می‏کند. دکارت دریافت در میان تصوراتش، تصوری از موجود کامل یا خدا وجود دارد که با اثبات آن مجوزی به دست آورد تا دست کم برخی از معتقداتی را که در اثر شک از ذهن خویش کنار گذاشته است، مجدداً مطرح نماید. وی احساس ‏کرد اگر پاره‏ای از اساسی‏ترین معتقدات عرفی را، هر چند با احتیاط بپذیرد، کار موجهی کرده است. دکارت بعد از اثبات جوهر نفسانی و تجرد و استقلال وجودی آن از بدن و وجود خدا به عنوان علت مبقیه آن، به اثبات وجود بدن و جسم به عنوان جوهری می پردازد که امتداد صفت ذاتی آن است و «اساساً وجه اشتراکی میان فکر و امتداد وجود ندارد.» در واقع از دید دکارت جز امتداد که ذات جسم را تشکیل می دهد، هرآنچه در جسم وجود دارد، جزء خواص ثانویه ای است که معلول دخالت ادراک است. اما حقیقت جسم، جزء خواص اولیه است که معقول است و از آن صورت حسی نداریم بلکه عقل آن را به نحو شهودی درک می کند. به عبارت دیگر علم نفس به عالم از طریق تحلیل عقلانی عملکردهای خواص فیزیکی است. از نظر دکارت حس به ادراک عقلی ارجاع داده می شود. البته این نکته به این معنا نیست که ادراک حسی کاملاً باطل است، بلکه به معنای تائید تصورات واضح و متمایز درونی آن، بدون توجه به آنچه داده حسی بیان می کند، می باشد. بنابراین او وحدت نفس و جسم را می پذیرد اما اختلاف عمیقی میان فکر و امتداد به عنوان صفات نفس و جسم قائل می شود و به ثنویت آن دو می رسد و به گونه ای از نفس سخن می گوید که گویی می تواند بدون بدن موجود باشد. وی مدعی شد که عمل تفکر برخلاف تخیل و احساس به مکان و جایی نیاز ندارد و به هیچ شئ مادی وابسته نیست. البته تمایزی که مد نظر دکارت است تمایز عقلی است که فقط در ذهن است، اما واقعیت این دو در خارج همین صفات است. دکارت در عین تمایز ذاتی نفس و جسم قائل نیست که حقیقت ذات انسان را فقط نفس تشکیل می دهد و جسم فقط ابزاری در دست نفس است. نفس و جسم دارای وحدت جوهری هستند. «نفس در عین تمایز، در عمل با جسم متحد است.»