سیلاب یکی از بلایای طبیعی است که سالانه خسارات جانی و مالی فراوانی بر جای می گذارد. یکی از معمول ترین روش های کنترل سیلاب و یا افزایش ماکزیمم دبی عبوری رودخانه ها استفاده از سیل بند می باشد. استان سیستان و بلوچستان پنجمین استان سیل خیز کشور می باشد. رودخانه ی سیستان اصلی ترین منبع حیاتی شمال استان می باشد و به دلیل واقع شدن در دشت مسطح همواره در معرض سیلاب می باشد. در این تحقیق از مدل ریاضی hec-ras جهت ساماندهی رودخانه سیستان استفاده شد. جهت این کار با استفاده از داده های نقشه برداری شده از مقاطع عرضی و به کمک داده های توپوگرافی منطقه، در arcgis پلان هندسی رودخانه تهیه گردید. با انتقال داده ها به مدل hec-ras، در ابتدا کالیبراسیون مدل انجام شد و سپس شبیه سازی سیلاب با دوره بازگشت های 10، 25، 50 و 100 ساله صورت گرفت. نتایج نشان داد که رودخانه در شرایط موجود توان عبور دبی 810 مترمکعب در ثانیه را دارا می باشد در حالی که دبی سیلاب با دوره بازگشت 10 سال معادل 846 مترمکعب برثانیه می باشد. از این روی با تعریف دو سناریوی استفاده از سیل بند با ارتفاع های مختلف، افزایش ماکزیمم دبی عبوری مورد مطالعه قرار گرفت. در سناریو اول، سیل بند به ارتفاع متوسط 1 متر تعیین و توسط مدل hec-ras شبیه سازی گردید. نتایج نشان داد در این حالت توان عبوری رودخانه تا دبی 65/1318 که معادل با دوره بازگشت 37 سال است افزایش می یابد. در سناریوی دوم ارتفاع متوسط سیل بند به 2 متر افزایش یافت و با توجه به نتایج به دست آمده از شبیه سازی مشاهده شد که رودخانه توان دبی عبور سیلا ب با دوره بازگشت 107 ساله را دارا می باشد. با توجه به شیب کم رودخانه استفاده از سیل بند جهت کنترل سیلاب ضروری به نظر می رسد.