بیماری پوسیدگی ساقه برنج (stem rot of rice) که اولین بار سال 1373 از شمال ایران گزارش شد بطور معمول دراکثر مزارع استان فارس وجود داشته و دربعضی از نقاط استان که از شدت بیشتری برخوردار است موجب بروز خسارت می گردد . تاکنون نه مطالعه جامعی در مورداین بیماری در استان فارس انجام شده و نه وجود آن در استان خوزستان گزارش شده است. با توجه به اینکه استانهای خوزستان و فارس از نظر سطح زیرکشت برنج در رتبه چهارم و پنجم کشور قراردارند مطالعه حاضر برای تعیین وضعیت بیماری در استانهای فوق از تیر تا آبان ماه سال 1388 به اجرا درآمد. برای انجام این پروژه از مزارع برنج استان فارس در شیراز، مرودشت، پاسارگاد، سیوند، کامفیروز، درودزن، رامجرد، کازرون، بیضا، بانش و فیروزآباد واز مزارع استان خوزستان در ایذه، رامهرمز، آهودشت و شاوور بازدید بعمل آمده ونمونه برداری انجام گرفت.وجود بیماری درتمام مناطق مورد بازدید در استان فارس به اثبات رسید ولی در استان خوزستان آلودگی به این بیماری مشاهده نشد. نتیجه آزمون بیماریزایی در شرایط گلخانه در رقم مورد استفاده (لنجان) مثبت بود. بر اساس مشاهدات مزرعه ای درصد آلودگی مزارع درمناطق مختلف استان فارس از 10% درشیراز تا 70% در رامجرد و درودزن متغیر بود. شدت آلودگی شالیزارهای برنج در مناطق مورد بازدید بین 5% درشیراز تا 50% دردرودزن برآورد شد. علائم و خسارت ناشی از بیماری معمولا درانتهای فصل بروز می کند. هرچند شروع علائم می تواند از خزانه باشد ولی معمولا علائم بیماری از مرحله پنجه زنی به بعد آشکار می شود. ابتدا غلافهای خارجی که درتماس با سطح آب هستند آلوده شده و علائم بصورت لکه های قهوه ای تا تیره ظاهر می شود. با توسعه این لکه ها سرانجام غلافهای آلوده خشکیده شده وقارچ به غلافهای بعدی و ساقه گیاه نفوذ می کند. در اثر آلودگی ،ساقه برنج پوسیده و سیاه شده وبه شدت سست می گردد. قارچ عامل بیماری داخل ساقه نفوذ و درمیانگره های اول و دوم و گاهی درمیانگره سوم تشکیل کلنی داده و اسکلروت های ریز و سیاهرنگ تولید می نماید. گاهی اوقات نیز میسلیوم خاکستری رنگ قارچ همراه این اسکلروت ها درون ساقه دیده می شود. ساقه ها به علت سست بودن دراثر وزش باد یا بارش باران دچار ورس شده و اگر ورس در اوایل خوشه دهی رخ دهد باعث پوکی دانه ها می شود. در اثر بیماری گیاه آلوده کوتاه مانده و خوشه های تشکیل شده نیز کوتاه و درصد پوکی دانه در آنها بالا است. ضمنا درصورتی که وقوع آلودگی زودهنگام کل بوته ممکن است خشک شود. تشکیل اسکلروت معمولا درانتهای فصل داخل یا روی ساقه و یا روی غلافهای خشکیده برگ صورت می گیرد. وجود اسکروتهای ریز و سیاهرنگ داخل ساقه یکی از علائم بارز بیماری پوسیدگی ساقه درانتهای فصل است . تشکیل اسکلروتها بعد از برداشت محصول درباقیمانده ساقه های زنده و آلوده ادامه می یابد. با شروع فصل زراعی، اسکلروتها بعنوان اینوکلوم اولیه، نقش مهمی در ایجاد آلودگی دارند. همراه با آماده سازی مزرعه (شخم زدن) و وجین کردن، اسکلروتهای موجود در خاک و بقایای گیاهی، در سطح آب شناور شده و دراثر تماس با غلافهای خارجی برگ باعث بروز آلودگی می گردد. نفوذ قارچ به داخل بافت گیاه، بصورت طبیعی و بدون نیاز به وجود زخم انجام می شود ولی در صورت وجود زخم نفوذ و پیشرفت قارچ سریعتر خواهد بود. با تندش اسکلروتها قارچ روی سطح بافت گیاه تشکیل آپرسوریوم داده و به درون بافت نفوذ می نماید. تشکیل اپرسوریوم در شرایط آزمایشگاهی نیز روی قطعات سترون ساقه برنج دردمای 27 درجه سانتیگراد اثبات گردید. قارچ عامل بیماری magnaporthe salvinii است که پریتسهای آن درشرایط آزمایشگاه باتلاقی جدایه های سازگار قارچ بدست آمد ودر نتیجه هتروتال بودن آن اثبات گردید. این اولین گزارش از تشکیل فرم جنسی قارچ در استان فارس می باشد. فرم کنیدی دار قارچ نیز در آزمایشگاه با کشت اسکلروتها روی کاغذ صافی مرطوب و سترون و کشت میسلیوم روی محیط غذایی هویج آگار بدست آمد و تحت نام nakataea sigmoidea شناسایی گردید. این قارچ بعلت دارا بودن اسکلروت آن بنام sclerotium oryzae نیز معروف است. بقاء و زمستانگذرانی قارچ بوسیله اسکلروتهای موجود درخاک یا داخل ساقه های برنج باقیمانده درخاک صورت می گیرد.در این مطالعه درجه حرارت بهینه برای رشد قارچ 30-27 درجه سانتیگراد تعیین شد. درجه حرارت بهینه رشد برای جدایه های مناطق گرمسیری بالاتر از جدایه های مناطق سردسیری بود. با مطالعه واکنش ارقام مختلف برنج در مقابل بیماری که در شرایط گلخانه انجام گرفت، معلوم شد که دربین ارقام تحت کشت در استان فارس، رقم شمیم از بقیه متحمل تر بوده وبعد از آن به ترتیب رقم آمل ولنجان قرارداشته ، رقم چمپا نیز به عنوان حساس ترین رقم تعیین گردید. در این مطالعه شناسایی قارچ عامل بیماری با استفاده ازروشهای مولکولی نیز مورد تایید قرار گرفت.