مطالعه حاضر با هدف تاثیر عوامل محیطی و فاکتورهای فیزیکوشیمیایی آب بر تنوع و تراکم جمعیت پریفیتون های (دیاتومه ها) یکی از انشعابات ماسوله رودخان در سه فصل تابستان، پاییز و زمستان 1389 انجام شد. نمونه ها از سطح بسترهای طبیعی اپی لیتون، اپی دندرون ، اپی پسامون و اپی پلون از رودخانه ماسوله رودخان با عرض شمالی ,37022 تا ,37023 از مدار استوا و طول شرقی ,49017 تا ,49019 واقع در شمال ایران (غرب استان گیلان) جمع آوری شدند. رودخانه دارای عمق آب کمتر از نیم متر و دارای دمای بین 31-14 درجه سانتی گراد، میزان هدایت الکتریکیs.cm -1 µ1370 -617، میزان ph از 81/8 – 82/7 بود. غلظت مواد مغذی (mg l-1 02/0 – 21/0po43- : ، mg l-1 5/3 – 2/1 no3- : ، mg l-1 02/0 – 5/6sio2: ، mg l-1 1/0 – 02/0> fe2+:) نشان دهنده و ضعیت تروفیک رودخانه است. در این مطالعه 23 جنس دیاتومه شناسایی شد که جنس های غالب دیاتومه در فصل تابستان به ترتیب شامل nitzschia،thalassiosira ، navicula ، surirella، cocconeis و cymbella (85/3 ±18/26، 83/7 ±10/14، 25/6 ±84/12، 86/4 ±41/7، 97/3 ±36/7 و 83/2 ±01/7) بودند. جنس های غالب دیاتومه در فصل پاییز به ترتیب شامل nitzschia، navicula،thalassiosira ، cocconeis، cymbella، achnanthes و amphora (32/2 ±33/35، 71/2 ±94/12، 87/2 ±31/6، 73/2 ±69/5، 18/1 ±64/4، 99/0 ±32/4 و 48/1 ±14/4) بودند. تعداد جنس های شناسایی شده در کل دوره نمونه برداری بین 15 تا 23 جنس متغیر بود. حداقل تعداد جنس های شناسایی شده در ایستگاه 1 فصل تابستان (15 جنس) و حداکثر آنها در ایستگاه 3 فصل زمستان (23 جنس) ثبت شد. حداقل و حداکثر مقدار فراونی کل چمعیت دیاتومه ها بر روی بسترهای گلی (ایستگاه 4: 52/12) و سنگی (ایستگاه 5: 86/30) بدست آمد. نتایج حاصل از مقایسه میانگین فراوانی جمعیت دیاتومه ها بین بسترهای مختلف (گلی: 08/4±95/23؛ شنی: 97/0±52/15؛ چوبی: 62/0±71/17و سنگی: 08/4±95/23) اختلاف معنی داری را بین بستر سنگی با بسترهای شنی و گلی؛ و بستر چوبی با گلی نشان داد (05/0p<). در این مطالعه توزیع فراوانی جنس های دیاتومه بر روی بستر های زبر (چوب، سنگ و ماسه) نسبت به بسترهای صاف و نرم (بستر گلی) بیشتر می باشد. بنابراین باتوجه به نتایج بدست آمده بسترهای چوبی و سنگی می توانند برای برنامه های پایش اکولوژیکی نسبت به بسترهای گلی و شنی مناسب تر باشند. نتایج حاصل از بررسی شاخص های زیستی (tdi و gi) و کیفی (wqi) آب نشان داد که رودخانه ماسوله دارای وضعیت تروفی الیگو-مزوتروف و به لحاظ کیفی دارای کیفیت مناسب و خوبی می باشد.