در دوره آل مظفر اکثر بزرگان، هنرمندان و دانشمندان برای در امان ماندن از حملات مغول شهریزد را مرکز فعالیت های علمی و هنری خود قرار دادند. برقراری امنیت و آرامش در یزد و نیز توجه زیاد حاکمان ایلخانی به حکومت آل مظفر باعث شد تا در این دوره تبادلات علمی هنری بسیاری بین این دو حکومت صورت گیرد. گرد آمدن دانشمندان و هنرمندان در یزد و از سوی دیگر آشنایی و تبادل فنون تزیینات معماری در یزد و در پی آن توسعه و تکوین تزیینات معماری این دوره شد. این ابداعات بر اساس ویژگی های اقلیمی، فرهنگی، باورها و اعتقادات مذهبی در یزد صورت گرفته است. وجود ویژگی های خاص در معماری و تزیینات بناهای دوره آل مظفر در یزد، موجب ایجاد مکتبی محلی به نام مکتب مظفری شده است. آنچه در این رساله به آن پرداخته می شود، بررسی سبک تزیینات معماری دوره آل مظفر در یزد است. مدرسه شمسیه در یزد نمونه هایی شاخص از مکتب مظفری و نشان دهنده توسعه و تکوین تزیینات معماری این دوره نسبت به دوره های قبل است. معرفی این مکتب گامی مهم در زمینه بازشناسی تزیینات معماری دوره مظفری و جایگاه این تزیینات در هنرهای سنتی ایران است. همان طور که از عنوان پایان نامه می توان انتظار داشت، این تحقیق شامل بررسی های فن شناسی، آسیب شناسی و ارائه طرح حفاظت تزئینات معماری مدرسه شمسیه خواهد بود. به طور کلی مطالب این پژوهش در پنج فصل گنجانده شده است؛ در فصل اول به کلیات تحقیق و در فصل دوم به مطالعه تزیینات معماری در مدرسه شمسیه پرداخته شده است. در فصل سوم آسیب های موجود در بنا و علل ایجاد آن مورد بررسی قرار گرفته و در فصل چهارم با توجه به نتایج به دست آمده به بررسی در زمینه فراوری و بهینه سازی مواد سنتی جهت حفاظت از تزئینات بنا پرداخته شده است.