میکروارگانیسم ها به تغییرات محیط اطراف خود پاسخ می دهند و این پاسخ همراه با تغییر در تنوع جمعیت میکروبی است، لذا بررسی تنوع به عنوان یک مارکر زیستی استفاده می شود. روش های متعددی برای بررسی تنوع میکروبی مورد استفاده قرار می گیرد. روش های وابسته به کشت فقط حدود 1/0 تا 5 درصد میکروارگانیسم ها را مورد بررسی قرار می-دهند. در نتیجه امروزه روش های غیر وابسته به کشت کاربرد گسترده ای در مطالعات تنوع پیدا کرده است. تکنیک risa از سرعت و کارایی بالایی برخوردار است و استفاده بسیاری برای بررسی تنوع میکروبی دارد. هدف از مطالعه حاضر بررسی تنوع میکروبی در ریزوسفر رسوبات جنگل حرا به منظور آگاهی از تاثیر آلاینده های ناشی از نفت و آلودگی های آن بر این گونه گیاهی می باشد. برای این منظور از جنگل حرا نایبند واقع در عسلویه از 2 ناحیه ی رسوبی و ریزوسفری نمونه گیری بعمل آمد. در نمونه ها میزان فلزات سنگین، فسفر و نیتروژن کل نمونه ها سنجش شد. سپس dna به صورت مستقیم با استفاده از محلول ctab و آنزیم پروتئیناز k از نمونه ها استخراج گردید و با تکنیک risa انگشت نگاری از ژنوم جامعه باکتریایی نواحی ریزوسفری و رسوبی تهیه شد و با استفاده از نرم افزار fire reader شاخص شانون-ویور برای جمعیت محاسبه شد. نتایج نشان داد میزان فلزات سنگین و نیز فسفر و نیتروژن در این مناطق بیشتر از حد طبیعی است. انگشت نگاری ژنی باکتریایی در دو ناحیه ی ریزوسفری و رسوبی تفاوت نشان داد. شاخص شانون-ویور برای ناحیه ی ریزوسفری 1و 2 و رسوب به ترتیب 577/0 ، 637/0 و 861/0 به دست آمد. پایین بودن تنوع باکتریایی می تواند به دلیل آلودگی های محیطی باشد و کمتر بودن شاخص شانون-ویور ریزوسفر از رسوبات می تواند به دلیل استرس حاصل از آلودگی بر روی درختان و در نتیجه کمتر شدن تنوع ترشحات باشد که خود منجر به کاهش تنوع میکروارگانیسم ها در آن ناحیه شده است. نتایج این تحقیق نشان داد روش risa می تواند به عنوان یک روش موثر در بررسی و کنترل سلامت محیط های دریایی از جمله جنگل های حرا مورد استفاده قرار بگیرد. بعلاوه کاهش شاخص شانون-ویور هشداری است بر افزایش آلاینده ها در این محیط و لزوم بررسی مداوم سلامت منطقه را برجسته می نماید.