شوید از جمله گیاهان دارویی است و اولین قدم برای انجام کارهای اصلاحی بر روی این گیاه، آگاهی از تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوندی بین آنهاست. هدف از این مطاالعه بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از داده های مورفولوژیکی و نشانگر rapd بود. به این منظورآزمایشی در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار در مزرعه آزمایشی دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید چمران اهواز انجام شد. در این مطالعه صفات مورفولوژیک شامل ارتفاع بوته، تعداد برگ، قطر ساقه ، وزن تر بوته ، وزن خشک بوته، تعدادچتر در بوته، تعداد چترک در چتر اصلی، تعداد دانه در چتر اصلی، تعداد دانه در چترک، قطرچتراصلی، وزن دانه در چتر اصلی، وزن هزار دانه و صفت فیتوشیمیایی شامل میزان کاروون در دانه مورد بررسی قرار گرفتند. تجزیه واریانس داده ها تفاوت معنی داری(01/0??) را برای کلیه صفات بجز وزن هزار دانه در بین جمعیت ها نشان داد. بین توده های مورد مطالعه از نظر میزان کاروون در 100 گرم بذر خشک در سطح خطای 1 درصد اختلاف معنی دار وجود داشت. بطوریکه توده های همدان،دزفول و ورامین دارای بیشترین میزان کاروون به ترتیب با 27/9، 51/8 و 61/7 میلی لیتر و توده بهبهان با 87/0 میلی لیتر دارای کمترین میزان کاروون در 100 گرم بذر خشک بودند. در بخش مولکولی این تحقیق از 24 آغازگر 10 نوکلئوتیدی با توالی تصادفی از سری آغازگرهای opa و tibmbaاستفاده شد. از بین 24 آغازگر مورد استفاده، پس از بررسی براساس میزان تشکیل باند، چند شکلی و نیز تکرار پذیری باندها تعداد 18 آغازگر انتخاب شد. 18 آغازگر منتخب، تعداد 157 باند قابل تشخیص و تکرار پذیر ایجاد نمودند که %87 آنهادر بین جمعیت های مختلف چند شکلی نشان دادند. بیشترین تعداد قطعه تکثیر شده 15 عدد و مربوط به آغازگرهای tibmba-07 و opa-08 و کمترین آن 2 عدد و مربوط به آغازگر opm12بود. دامنه ضریب تشابه بدست آمده از نشانگر rapd در این تحقیق از 50/0 بین توده های ارومیه و همدان تا 86/0 بین دو توده شیراز و همدان متغیر بود. تجزیه کلاستر با استفاده از الگوریتم upgma، توده های مختلف شوید را در 3 گروه اصلی تقسیم بندی نمود. نتایج این پژوهش مبین وجود تنوع مولکولی، مورفولوژیک و ماده موثره کاروون و همچنین کارآمدی نشانگر rapd در تعیین تنوع ژنتیکی در بین توده های شوید مورد مطالعه می باشد.