فیتوپلانکتون ها یک گروه متنوع از ارگانیسم ها هستند که به وسیله اندازه کوچک و شناور بودنشان شناخته می شوند. فیتوپلانکتون ها اولین گروهی هستند که به تغییرات کیفیت آب واکنش نشان می دهند و به همین دلیل می توان از آن ها به عنوان شاخص های مفید استفاده کرد. هدف این تحقیق دستیابی به اطلاعات ارزشمند اکولوژیکی در مورد فراونی و تنوع فیتوپلانکتون ها در برخی از منابع آبی استان یزد در طی چهار فصل می باشد. برای این منظور نمونه برداری طی یک سال از تابستان 1390 تا بهار 1391 از محل های مختلف اکولوژیکی با جمع آوری آب انجام شد. خصوصیات فیزیکوشیمیایی آب نظیر دما، ph، هدایت الکتریکی و میزان اکسیژن محلول در همان محل اندازه گیری شد. نمونه ها با استفاده از فرمالین 4% تثبیت و سپس شناسایی، شمارش و ترکیب آن ها در آزمایشگاه انجام شد. نتایج نشان داد که در مجموع 6 رده و 79 جنس از فیتوپلانکتون ها در منابع آبی مورد بررسی وجود دارد. ترکیب فیتوپلانکتون ها به ترتیب شامل 28 ، 25، 11، 8، 5 و 2 جنس از رده های chlorophyceae، bacilariophyceae، cyanophyceae، conjugatophyceae، dinophyceae و euglenaophyceae بود. فیتوپلانکتونهای غالب از جنس های شامل cosmarium، cyclotella،polycystis در بهار، rhizosolenia، clamydomonas، anacystis در تابستان، rhizosolenia، nitzschia ، pleurococcus در پاییز و cyclotella، cymbella، gyrosigma در زمستان بود. بیشترین میانگین تراکم فیتوپلانکتونی متعلق به رده bacilariophyceae (10712 سلول در میلی لیتر) و کمترین آن به رده euglenaophyceae (15 سلول در میلی لیتر) بود. حجم زیستی فیتوپلانکتون ها بر اساس شکل و اندازه محاسبه شده بدست آمد . بیشترین حجم زیستی در پاییز (3/168میکرومترمکعب بر میلی لیتر) و کمترین آن در زمستان (11/0 میکرومترمکعب بر میلی لیتر) تخمین زده شد. بیشترین تنوع فیتوپلانکتونی در تابستان (6 رده و 32 جنس) و کمترین تنوع در زمستان (4 رده و 11 جنس) بود. بررسی شاخص های تنوع در میان ایستگاه های نمونه برداری و ارتباط آن با تراکم فیتوپلانکتون ها و فاکتورهای فیزیکوشیمیایی نشان داد که استخر ذخیره آب قطرم در فصل تابستان از نظر شاخص تنوع شانون-وینر(65/2)، تنوع سیمپسون (06/0) و شاخص غنای مارگالف(7/5) بالاترین میزان را داشت. نتایج بر اساس کیفیت آب و ترکیب و فراوانی فیتوپلانکتون ها نشان داد که محل های نمونه برداری با منشاء قنات، چاه و چشمه درکلاسه کیفی آب های الیگو ساپروب قرار گرفتند. همچنین فیتوپلانکتون های جمع آوری شده از آب با منشاء استخر های ذخیره آب، دریاچه مصنوعی (و استخر خاکی پرورش ماهی) به ترتیب در کلاسه آب های آلفا مزوساپروب و بتامزوساپروب طبقه بندی شد. مهمترین فاکتورهای کیفی آب که در تغییر ساختار جمعیت فیتوپلانکتون ها نقش داشتند، دما و ec بود. بطور کلی، یافته های این تحقیق مبین این است که منابع آبی استان یزد دارای تنوع بالایی از فیتوپلانکتون های مهم می باشند که می توانند به عنوان شاخص کیفیت آب و همچنین تولید غذای زنده در صنعت آبزی پروری با کشت متراکم، مورد استفاده قرار گیرند.