بادام از قدیمی ترین درختان میوه هسته دار می باشدکه یکی از بیشترین تولیدات خشکبار جهان را به خود اختصاص داده است. شانکر باکتریایی که بوسیله پاتووار های pseudomonas syringae ایجاد می شود یکی از مشکلات جدی باغ های درختان میوه هسته دار می باشد. در این تحقیق طی سال های 1391-1390 نمونه برداری از باغات بادام و در کنار آن درختان میوه هسته دار واقع در مناطق مختلف استان خراسان رضوی صورت گرفت. علائم بیماری در درختان آلوده به صورت زخم های نکروتیک برگ، ترشح صمغ روی جوانه ها، سرشاخه ها وتنه مشاهده گردیدند. جهت جداسازی عوامل بیماریزای باکتریایی، نمونه ها از بافت های آلوده، در داخل آب مقطر خرد شده و سپس یک لوپ از عصاره به دست آمده روی محیط کشت nas کشت داده شد و پرگنه های نوع غالب انتخاب و خالص سازی گردید. عامل بیماری براساس آزمون های گروه lopat و gatta، (pss)pseudomonas syringae pv. syringae و تعدادی به عنوان فرم های بینابین pss وp. mors-pronorum(psm) شناسایی شد. در کل 23 جدایه به دست آمده مورد بررسی های فنوتیپی ( فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی) قرار گرفتند. جدایه ها براساس خصوصیات فنوتیپی اختلافات جزئی نشان دادند. dna ژنومی جدایه ها استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز(pcr) با پرایمرهای اختصاصی d21 و d22 به کار برده شدند. به منظور ارزیابی دامنه تنوع ژنتیکی جدایه ها، از روش های rep-pcr، is50-pcr و آغازگرهای eric1r، eric2،boxa1، is50 استفاده شد. محصول تکثیر شده در ژل آگارز 2/1 درصد الکتروفورز و با اتیدیوم برماید رنگ آمیزی شد. از ضریب تشابه جاکارد (jaccard) برای تعیین تشابه جدایه ها و از روش upgma و نرم افزار ntysys-pc نسخه02/2 برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. در آنالیز خوشه ای داده ها مشخص گردید که جدایه ها با آغازگر boxa1r در سطح تشابه 75 درصد شامل 7 گروه، با آغازگر eric1 در سطح تشابه 65 درصد شامل 7گروه و با آغازگر eric2 در سطح تشابه 56 درصد شامل 8 گروه و درpcr-is50 در سطح تشابه 52 درصد متشکل از 11گروه بودند. نتایج به دست آمده، تنوع ژنتیکی را در بین جدایه-های عامل بیماری شانکر درختان بادام و هسته دار در استان خراسان رضوی نشان می دهد.