کاهش تنوع ژنتیکی موجب آسیب پذیری شدید محصولات زراعی در برابر تنش های محیطی، آفات و بیماری ها و در نتیجه کاهش عملکرد می شود. در این تحقیق به منظور بررسی تنوع و شباهت ژنتیکی، تعیین فاصله ژنتیکی و روابط ?4 رقم گندم بهاره نان با خاستگاه شمال غرب ایران از 7 آغازگر issr استفاده شد. استخراج dna طبق پروتکل ctab از نمونه های برگی ارقام مختلف صورت گرفت. الگوهای باندی بر اساس حضور (یک) و عدم حضور (صفر) باند امتیازدهی شدند. 7 آغازگر issr در مجموع 149 باند چند شکل ایجاد کردند (با میانگین درصد پلی مورفیسم 69/48 %). تنوع بین جمعیت ها، 8 درصد و درون جمعیت ها 92 درصد برآورد شد که این به دلیل خاستگاه یکسان این 6 جمعیت می باشد تجزیه خوشه ای صفات کمی به روش clink و بر اساس فاصله اقلیدوسی جمعیت ها را به دو گروه و ارقام مختلف را به چهار گروه مجزا تقسیم کرد. نتایج این تحقیق کارایی نشانگرهای issr را در بررسی چند شکلی ارقام گندم تایید کرد.