با استفاده از روش ap-pcr می توان چند شکلی موجود در بین نژاد های هر موجود زنده ای را تشخیص داد . به منظور بررسی روش ap-pcr تعداد 20 رقم گندم مورد کشت در سیستان تهیه شد و با استفاده از روش ap- pcr مورد بررسی قرار گرفت. بذر ارقام مورد مطالعه در گلدان کشت شده و برگ گیاهان 14 روزه برای استخراج dna مورد استفاده قرار گرفتند. چهار جفت آغازگر اختصاصی روش sts برای انجام روش ap- pcr استفاده شد. چند شکلی های مشاهده شده با استفاده از روش های چند متغیره تجزیه شدند. در تجزیه به مختصات اصلی، 6 مختصه اول در مجموع64.1610 درصد از کل تغییرات را توجیه کردند. تجزیه خوشه ای به روش upgma انجام شد و در ضریب تشابه 55/0 بر اساس روش جاکارد، ارقام به یازده گروه تفکیک شدند. نتایج این تحقیق نشان داد دسته بندی روش ap-pcr در آغازهای مورد استفاده تا حدودی دقیق تر از همین آغازگر ها در روش sts بود. واژگان کلیدی: ap-pcr ، فاصله ژنتیکی، گندم سیستان