آلودگی محیط کشت بافت، یکی از مشکلات رایج کشت بافت می باشد که باعث از بین رفتن تعدادی و یا گاهی تمام کشت ها می شود. در این تحقیق، به منظور حذف و یا کاهش آلودگی کشت بافت، آزمایشاتی بصورت جداگانه صورت گرفت. در مرحله اول به منظور تعیین بهترین ماده ضد قارچی و غلظت مناسب برای جلوگیری از جوانه زنی قارچ پنی سیلیوم، آزمون جوانه زنی اسپور قارچ روی محیط کشت ms همراه با ماده و غلظت مورد نظر صورت گرفت. نتایج نشان داد که بهترین اسانس برای کاهش جوانه زنی اسپور قارچ، اسانس دارچین با غلظت 50 و75 پی پی ام و ماده متیل پارابن و پروپیل پارابن با غلظت های 600 و 225 پی پی ام می باشد، که مانع جوانه زنی اسپور می شود. در مرحله دوم رشد هیف در رابطه با ماده و غلظت مورد بررسی قرار گرفت، نتایج نشان داد که در تیمارهای انتخابی جوانه زنی اسپور بهتر از رشد هیف کنترل می شود، بیشترین رشد هیف مربوط به اسانس دارچین و کمترین مربوط به تیمارهای متیل پارابن بود. در مرحله سوم گیاهان سیب رقم گالا و داودی رقم ایریدون در محیط کشت ms همراه با اسانس و پارابن هادر غلظت های مورد نظر کشت شد. نتایج نشان داد که در همه تیمارها با افزایش غلظت ازخصوصیات رشدی گیاه کاسته می شود. بهترین رشد گیاه سیب وداودی در اسانس دارچین مشاهده گردید. در مرحله چهارم، تاثیر پارابن ها یا اسانس به همراه اسپور قارچ پنی سیلیوم دیجیتاتوم بر رشد گیاه روی محیط کشت ms بررسی گردید. نتایج نشان داد که در تیمارهای متیل پارابن و پروپیل پارابن هرچند در غلظت های 600 و 225 پی پی ام کنترل جوانه زنی اسپور مناسب بود، برخلاف انتظار در محیط کشت آلودگی ظاهر گردید و باعث صدمه به گیاه نیز شد. به طور کلی بهترین تیمار اسانس دارچین با غلظت 50 و 75 پی پی ام معرفی گردید اگرچه در تمام موارد میزان رشد گیاه نسبت به شاهد کاهش نشان داد.