در قسمت دوم تحقیق، شبیه سازی دینامیک مولکولی با هدف بررسی ویژگی های مولکولی کپسوله کردن داروی ضد سرطان مکلورتامین درون نانو لوله های تک جداره ی کربن و بور نیترید به کار گرفته شد. نمودارهای انرژی رسم و با استفاده از این نموارها پایداری سیستم ها تخمین زده شد. همچنین زاویه ی قرار گیری دارو درون نانو لوله ی بور نیترید محاسبه شد. علاوه بر این، بوسیله ی نمودارهای تابع توزیع شعاعی اتم- اتم حلال پوشی دارو درون نانو لوله بررسی و با حلال پوشی دارو در حالت آزاد مقایسه شد. با مقایسه ی داده ها ی حاصل از شبیه سازی برای نانو لوله کربن و بور نیترید، این نتیجه حاصل گردید که نانو لوله ی کربن برای حمل داروی مکلورتامین مناسب نمی باشد در حالی که نانو لوله ی بور نیترید حامل مناسبی برای داروی مکلورتامین می باشد و اثر بخشی آن را افزایش می دهد.