در این تحقیق از مدل سه بعدی هیدرودینامیکی کوهرنس برای مدل سازی جریانات و بررسی آلودگی در خلیج نایبند استفاده شده است، که در آن معادلات ناویراستوکس و پیوستگی در سه بعد، و معادله های انتقال شوری و دما به روش جداسازی حل شده اند. در مدل از مختصات دکارتی برای راستای افق و از مختصات سیگما با پنج لایه برای راستای قائم استفاده شده است. داده های هواشناسی به صورت میانگین و هم چنین چهارمولفه اصلی جزرومد، m2، s2، k1 و o1 درمدل اعمال شده است. در این مدل از شبکه یکنواخت به ابعاد 79*100 با دقت 243 متر استفاده شده است. پس از تنظیم مدل و وارد کردن داده های مورد نیاز، مدل برای این خلیج اجرا شد که پس از رسیدن به حالت پایداری خروجی های مدل با مشاهدات میدانی مورد اعتبارسنجی قرار گرفت که دارای تطابق بالایی با یکدیگرمی باشند. نتایج این مدل نشان می دهد که جریانات در این خلیج عمدتا جریانات کشندی هستند ومهمترین عامل در پخش آلودگی این خلیج جریان های کشندی می باشد..