هاپلوتایپ مجموعه ای از چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (اسنیپ ها) موجود در دیانای است و دربردارنده اطلاعات ارزشمند ژنتیکی میباشد. اسنیپها معمول ترین تغییرات ساختاری هستند که در دیانای کد میشوند. با توجه به این که برخی از بیماری های ژنتیکی ناشی از تغییرات در ساختار ژنوم است، اطلاعات موجود در هاپلوتایپها همواره مورد توجه پژوهشگران در زمینههای مختلف علم ژنتیک بوده است. به طوریکه مطالعه هاپلوتایپها و همچنین بازسازی آنها در سالهای اخیر مورد توجه طیف وسیعی از محققین واقع شده است. در این بین بازسازی هاپلوتایپ یک مسئله مطرح در بازسازی کل ژنوم است. از آنجاییکه بازسازی هاپلوتایپها به کمک روشهای الگوریتمی و استفاده از ماتریس اسنیپ نسبت به بدست آوردن مستقیم آنها به کمک تکنولوژیهای فعلی، هم به لحاظ زمانی و هم هزینه مقرون به صرفه است، لذا در بازسازی هاپلوتایپها استفاده از روشهای الگوریتمی توصیه میگردد. همواره توالی های بدست آمده از توالی یاب ها همراه با خطا هستند، که این قضیه ساخت هاپلوتایپ ها را پیچیده می کند. خصوصا رویکرد حداقل تصحیح خطا، که از معروفترین نسخه های این مسئله بوده و ثابت شده که از دسته مسائلnp -سخت است. تعریف رسمی مسئله بازسازی هاپلوتایپ بدین صورت است: با وجود مجموعهای از قطعات ناسازگار که با کمک روشهای توالییابی موجود به دست آمدهاند، خطاهای موجود در دادهها به نحوی یافته و اصلاح گردند که هاپلوتایپهای بدست آمده با قطعههای تصحیح شده حداکثر سازگاری را داشته باشند. از زمان ارائه اولین الگوریتم توسط لانسیا در سال 2001 تا کنون روش های متعددی برای حل این مسئله مطرح شدهاست . این روشها عموما به دو دسته الگوریتم های دقیق و غیر دقیق تقسیم می شوند. از آنجایی که حجم داده های واقعی بسیار بالاست، متاسفانه استفاده از الگوریتم های دقیق در مورد اینگونه داده ها عملی نیست. از این رو استفاده از الگوریتم های مکاشفه ای در مورد این داده ها توصیه می گردد. در حال حاضر بهترین الگوریتم مکاشفه ای موجود hapsat است، که با تبدیل مسئله بازسازی هاپلوتایپ به مسئله حداکثر ارضای بولین، هاپلوتایپهای موردنظر را محاسبه میکند. در این پایان نامه سه الگوریتم مکاشفه ای پیشنهاد شده است؛ که هر یک، به نوعی با تفکیک ستون های هوموزیگوت از هتروزیگوت، در صدد بهبودی بر بهترین الگوریتم مکاشفه ای موجود می باشند. عملیات جداسازی ستونها، پیش از مرحله تبدیل در الگوریتم hapsat انجام میشود. الگوریتم اول، errhapsat مبتنی بر نرخ خطای دستگاه توالی یاب می باشد. در این الگوریتم، نرخ خطا به عنوان مقدار آستانه برای تشخیص ستونهای هوموزیگوت به کار میرود. الگوریتم دوم، تحت عنوان boundhapsat با تحلیل آماری ماتریس اسنیپ به مشخص کردن مرزهایی برای تفکیک ستون ها از هم می پردازد. در الگوریتم سوم، minedhapsat، با کمک الگوریتم c4.5 در درخت تصمیم، که از روش های یادگیری ماشین به شمار می رود، مرزهای تفکیک محاسبه می شوند. کارایی الگوریتمهای پیشنهادی بر روی سه مجموعه داده مختلف مورد ارزیابی قرار گرفته است. این دادهها به دو گروه دادههای واقعی و دادههای شبیهسازی شده تقسیم میشوند. دسته اول دادههای واقعی برگرفته از فاز دوم پروژه هپمپ میباشند. مجموعه داده واقعی دیگر تحت عنوان دادههای هیورف میباشد که در آزمایشات مشابه مورد استفاده قرار گرفته است. نتایج حاصل از آزمایش ها نشان می دهد که هر سه این روش ها بدون تاثیر منفی بر روی سرعت، موجب افزایش دقت می شوند. با توجه به اینکه دقت هاپلوتایپ های بازسازی شده در حوزه ژنومیک بسیار حائز اهمیت است، این روش ها می توانند جایگزین بهترین روش مکاشفه ای فعلی برای بازسازی هاپلوتایپ شوند.

این پژوهش درباره تجلّی مفاهیم واصلاحات دینی درشاهنامه است. دراین پایان نامه مفاهیمی همچون ایزد، یزدان، خداپرستی، ادیان مختلف به همراه مفاهیم واصطلاحات مرتبط باآن ادیان و...بررسی شده است،تا به این وسیله مشخص شود توجه وعلاقه فردوسی به مفاهیم دینی، چرا و به چه میزان بوده است. درآغاز باید بیان کردکه فردوسی به مفاهیم دینی وادیان مختلف محترمانه نگریسته وبه هیچ کدام دروغ نبسته است. پژوهش حاضردر5 فصل تنظیم شده است: فصل اول:(آفریدگار)شامل؛ ایزدویزدان، یکتاپرستی ودینداری، دعا و نیایش، یادخدا درهنگام جلوس شاهان، سرآغازنامه ها با حمدالهی، توکل وامید، خدا فریادرس است،شکرگزاری،آغاز کار با نام خدا، آوردن نام خدا به هنگام دیدن شگفتی، داشتن بیم از خداوند و.... فصل دوم:(ادیان وپیامبران(الهی وغیرالهی))شامل؛ اسلام، بت پرستی، برهمایی، زرتشتی، مانویت،آیین مزدک، مسیحیت، یهودیت ومسایل مربوط به این ادیان و نیزپیامبران الهی وغیرالهی چون حضرت محمد، ابراهیم، اسماعیل،خضر، زرتشت، عیسی، مانی، مزدک و.... فصل سوم:(احکام وعبادات واصطلاحات دینی)شامل؛ پارسا،اماکن مقدس عبادی، تأثیرقرآن و حدیث برشاهنامه، سحر، روزه، شایست ها، ناشایست ها، معاد و جهان دیگر، نماز و زیرمجموعه های این موارد. فصل چهارم:(آیین ها، باورها واعتقادات)شامل؛ ازدواج، امدادغیبی، پاداش، پیشگویی، جادو، خواب ورویا، دیو، سوگند،سیمرغ، فرّ، مکافات، تقدیرو... فصل پنجم:(فرشتگان و جنیان)شامل؛ فرشته، جنّ، ابلیس، اهریمن، جبرییل، سروش، اسرافیل، هاروت و ماروت و عزراییل. و درپایان نیز به نتیجه گیری این پژوهش پرداخته می شود.