بتا لاکتوگلوبولین پروتئین اصلی آب پنیر در نشخوار کنندگان می باشد. تحقیقات نشان داده است که این پروتئین در بسیاری از نژادهای گوسفند به علت یک جایگزینی تک نوکلوتیدی (t?c)در ژن بتا لاکتو گلوبولین دارای چند شکلی می باشد. نتیجه این جایگزینی سبب می شود که در جایگاه شماره 20، بتا لاکتو گلوبولین a دارای اسید آمینه تیروزین (tac) و بتا لاکتو گلوبولین b اسید آمینه هیستیدین (cac) داشته باشد. در این پژوهش از 100 راس گوسفند نژاد بلوچی و 100 راس گوسفند نژاد نائینی خون گیری به عمل آمد، استخراج dna به روش نمکی بهینه انجام و از یک جفت آغازگر اختصاصی برای تکثیر یک قطعه 452 جفت بازی از اگزون 2 ژن بتا لاکتو گلوبین استفاده شد. در تعیین ژنوتیپ از آنزیم محدود کننده rsai و در روئیت سازی باندها از ژل اکریل آمید 10% و رنگ آمیزی نیترات نقره استفاده شد. دراین پژوهش در جمعیت گوسفندان بلوچی فراوانی ژنوتیپ های aa، bb و ab به ترتیب برابر با 11/0، 25/0 و 64/0 و فراوانی آلل های a و b به ترتیب برابر با 44/0 و 56/0و همچنین در جمعیت گوسفندان نائینی فراوانی ژنوتیپ های aa، bb و ab به ترتیب برابر با 08/0، 26/0 و 66/0 و فراوانی آلل های a و b به ترتیب برابر با 41/0 و 59/0 برآورد شد. آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت های مورد مطالعه برای این جایگاه در تعادل هاردی- واینبرگ نمی باشند. علاوه بر این، در مطالعه حاضر مقایسه فراوانی های آللی و ژنوتیپی بین نمونه های تعیین ژنوتیپ شده در گوسفندان نژادهای بلوچی و نائینی اختلاف آماری معنی داری (05/0 (p> نشان نداد. از آنجایی که پروتئین بتا لاکتوگلوبولین یکی از پروتئین های با ارزش شیر بوده و از طرفی با توجه به پلی مورف بودن این جایگاه، در صورت همبسته بودن فرم های مختلف آللی این جایگاه نشانگری با صفات مرتبط به تولید و ترکیب شیر، می توان از این جایگاه ژنی در برنامه های اصلاح نژادی در گوسفند از طریق تکنیک انتخاب به کمک مارکر بهره برد.