به منظور بررسی ساختار و تنوع ژنتیکی 77 فرد از 8 توده مختلف گیاه دارویی کلپوره (teucrium polium l.) از نشانگر های issr استفاده شد. 18 آغازگر مورد استفاده 198 مکان قابل امتیازبندی تولید نمودند که از این تعداد 184 مکان در بین و درون جمعیت ها چند شکل بودند. آغازگرهای 816، 880 و ubc836 بیشترین تعداد مکان را تولید نمود. کمترین درصد چند شکلی مربوط به آغازگر های 808 و ubc834 (80 درصد) بود. دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای به روش upgma مبتنی بر ضرایب فاصله ژنتیکی نی، جمعیت ها را در سه گروه اصلی قرار داد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت های مهریز یزد و بافق یزد (234/0) و کمترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت های مهریز یزد و بوشهر (076/0) بود. متوسط میانگین هتروزیگوسیتی در جمعیت های مورد مطالعه 239/0 و از 203/0 ( توده خوربیابانک اصفهان) تا 268/0( h2 ارومیه) متغیر بود. نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی (amova)، تنوع ژنتیکی بالایی را در درون جمعیت ها (77 درصد) در مقایسه با بین جمعیت ها (23 درصد) نشان داد تجزیه خوشه ای بر اساس روش upgma مبتنی بر ضریب تشابه dice ژنوتیپ های مورد مطالعه را در سه گروه اصلی قرار داد. جمعیت ها یا افراد از گروه های مختلف می تواند به طور بالقوه به عنوان والدین تلاقی در برنامه های اصلاحی کلپوره استفاده شوند. همچنین نتایج نشان داد که نشانگرهای issr ابزار مناسبی برای تمایز و گروه بندی جمعیت های مختلف گیاه کلپوره می باشند.